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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cd1 | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Refinement of P4 stemloop structure using residual dipolar coupling data | ||||||||||||||||||||
![]() | 5'-R(*![]() NUCLEIC ACID / METAL BINDING SITE / P4 STEM / RIBONUCLEASE P / RIBONUCLEIC ACID / RIBOZYME / TRANSFER RNA PROCESSING | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | ![]() 生物種 | ![]() ![]() 手法 | 溶液NMR / RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS | Model type details | MINIMIZED AVERAGE | ![]() Schmitz, M. | 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 25.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 16.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 305.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 308.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 8633.143 Da / 分子数: 1 / 断片: P4 STEM, RESIDUES 1-27 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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配列の詳細 | THE SEQUENCE CORRESPONDS TO NUCLEOTIDES 66 TO 73, AND 354 TO 360 OF THE E. COLI RNASE P RNA, WITH ...THE SEQUENCE CORRESPOND |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 1H-15N ![]() |
NMR実験の詳細 | Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING CONSTRAINT DATA FROM HOMONUCLEAR NMR SPECTROSCOPY AS DESCRIBED IN ENTRY 1F6X, AND ADDITIONAL RESIDUAL DIPOLAR COUPLINS FOR THE IMINO RESONANCES DERIVED FROM ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING CONSTRAINT DATA FROM HOMONUCLEAR NMR SPECTROSCOPY AS DESCRIBED IN ENTRY 1F6X, AND ADDITIONAL RESIDUAL DIPOLAR COUPLINS FOR THE IMINO RESONANCES DERIVED FROM HSCQ TYPE EXPERIMENTS ACQUIRED IN THE PRESENCE AND ABSENCE OF 22 MG PER ML PF1 PHAGE |
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試料調製
詳細 | 内容: 90% WATER/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 100 mM / pH: 6.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 288.0 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1 詳細: DETAILS OF THE REFINEMENT PROCEDURE AGAINST RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS ARE GIVEN IN THE PRIMARY REFERENCE CITATION ABOVE | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |