[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-3dw6: Crystal Structure of the Sarcin/Ricin Domain from E. COLI 23 S rR... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3dw6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of the Sarcin/Ricin Domain from E. COLI 23 S rRNA, U2650-SECH3 modified | ||||||
![]() | Sarcin/Ricin Domain from E. Coli 23 S rRNA | ||||||
![]() | RNA / Sarcin Ricin Loop | ||||||
Function / homology | RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Olieric, V. / Rieder, U. / Lang, K. / Serganov, A. / Schulze-Briese, C. / Micura, R. / Dumas, P. / Ennifar, E. | ||||||
![]() | ![]() Title: A fast selenium derivatization strategy for crystallization and phasing of RNA structures. Authors: Olieric, V. / Rieder, U. / Lang, K. / Serganov, A. / Schulze-Briese, C. / Micura, R. / Dumas, P. / Ennifar, E. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 44.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 31.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: RNA chain | Mass: 8821.241 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-GOL / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.9 Å3/Da / Density % sol: 35.27 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 3.2 M (NH4)2SO4, 50 mM K-MOPS pH 7.0, 10 mM MgCl2, 10 mM MnCl2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions |
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 90 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: May 26, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97916 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Highest resolution: 1 Å / Num. obs: 64959 / % possible obs: 92.5 % / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 11.318 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 16.99 |
Reflection shell | Resolution: 1→1.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. measured obs: 45575 / Num. unique obs: 12469 / Rsym value: 0.417 / % possible all: 71.2 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Resolution: 1→20.189 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.38 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.316 Å2 / ksol: 0.46 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 41.07 Å2 / Biso mean: 13.601 Å2 / Biso min: 7.45 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1→20.189 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23
|