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万見
- PDB-2cau: CANAVALIN FROM JACK BEAN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cau
タイトルCANAVALIN FROM JACK BEAN
要素PROTEIN (CANAVALIN)
キーワードPLANT PROTEIN / VICILIN / 7S SEED PROTEIN / DOMAIN DUPLICATION / SWISS ROLL
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / protein-containing complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ko, T.-P. / Day, J. / Macpherson, A.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: The refined structure of canavalin from jack bean in two crystal forms at 2.1 and 2.0 A resolution.
著者: Ko, T.P. / Day, J. / McPherson, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Determination of Three Crystal Structures of Canavalin by Molecular Replacement
著者: Ko, T.-P. / Ng, J.D. / Day, J. / Greenwood, A. / Macpherson, A.
履歴
登録1998年11月20日処理サイト: RCSB
改定 1.01998年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CANAVALIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3831
ポリマ－50,3831
非ポリマー00
水1,820101
1
A: PROTEIN (CANAVALIN)

A: PROTEIN (CANAVALIN)

A: PROTEIN (CANAVALIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,1503
ポリマ－151,1503
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area14330 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area36830 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.990, 105.990, 105.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

HOH

21A-502-

HOH

31A-503-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (CANAVALIN) / JACK BEAN VICILIN


分子量: 50383.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: TREATED WITH LIMITED DIGESTION BY TRYPSIN / 由来: (天然) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 細胞内の位置: PROTEIN BODY / 器官: SEED / 組織: COTYLEDON / キーワード: TREATED WITH LIMITED DIGESTION BY TRYPSIN / 参照: UniProt: P50477
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: REFERENCE TO PDB1CAU
結晶化pH: 6.8
詳細: THIS CRYSTAL FORM COULD BE GROWN ONLY OCCASIONALLY. BASICALLY IT WAS CRYSTALLIZED FROM PURIFIED PROTEIN AFTER TRYPSIN TREATMENT IN PHOSPHATE BUFFERED SALINE, BUT WAS DIFFICULT TO REPRODUCE., pH 6.8
結晶化
*PLUS
温度: 277-281 K / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115-20 mg/mlprotein1drop
21.0 %1dropNaCl
350 mMphosphate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→40 Å / Num. obs: 22331 / % possible obs: 85.5 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2.02→2.18 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 66.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 71863
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 66.5 % / Num. unique obs: 3415 / Num. measured obs: 5944

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MERLOT位相決定
X-PLOR3.8精密化
SDMSデータ削減
SDMSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CAV

1cav


解像度: 2.1→40 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1523 8 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs-19695 84 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.22 Å
Luzzati d res low-40 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2764 0 0 101 2865
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.569
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.729
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.521.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.522
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.82
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.512.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 180 6.2 %
Rwork0.239 1929 -
obs--72.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 40 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor obs: 0.175
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 28.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.729
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.291 / % reflection Rfree: 6.2 % / Rfactor Rwork: 0.239 / Rfactor obs: 0.239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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