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万見
- PDB-2c3z: Crystal structure of a truncated variant of indole-3-glycerol pho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c3z
タイトルCrystal structure of a truncated variant of indole-3-glycerol phosphate synthase from Sulfolobus solfataricus
要素INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE
キーワードLYASE / INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE / PROTEIN STABILITY / CATALYTIC ACTIVITY / DIVERGENT EVOLUTION / TRYPTOPHAN BIOSYNTHESIS / DECARBOXYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


indole-3-glycerol-phosphate synthase / indole-3-glycerol-phosphate synthase activity / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / tryptophan biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Indole-3-glycerol phosphate synthase / Indole-3-glycerol phosphate synthase, conserved site / Indole-3-glycerol phosphate synthase signature. / Indole-3-glycerol phosphate synthase domain / Indole-3-glycerol phosphate synthase / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Indole-3-glycerol phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Schneider, A. / Knoechel, T. / Darimont, B. / Hennig, M. / Dietrich, S. / Kirschner, K. / Sterner, R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Role of the N-Terminal Extension of the (Betaalpha)(8)-Barrel Enzyme Indole-3-Glycerol Phosphate Synthase for its Fold, Stability, and Catalytic Activity.
著者: Schneider, B. / Knoechel, T. / Darimont, B. / Hennig, M. / Dietrich, S. / Babinger, K. / Kirschner, K. / Sterner, R.
履歴
登録2005年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5722
ポリマ－25,4761
非ポリマー961
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)39.200, 61.400, 80.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE / IGPS


分子量: 25476.309 Da / 分子数: 1 / 断片: DELTA(1-26), RESIDUES 27-248 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-TERMINALLY TRUNCATED FRAGMENT OF INDOLE -3-GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE (RESIDUES 27-248)
由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: Q06121, indole-3-glycerol-phosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細INVOLVED IN AMINO-ACID BIOSYNTHESIS (L-TRYPTOPHAN BIOSYNTHESIS)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.9 %
結晶化詳細: 30% PEG8000 0.2 M AMMONIUM SULFATE 0.1 M MES, PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→12 Å / Num. obs: 5474 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
ROTAVATAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 1IGS

1igs


解像度: 2.8→10 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.18 --
obs0.18 4820 96.4 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1769 0 5 130 1904
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.874
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.92 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor%反射
Rwork0.231 -
obs-93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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