[日本語] English
万見
- PDB-2c06: NMR-based model of the complex of the toxin Kid and a 5-nucleotid... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c06
タイトルNMR-based model of the complex of the toxin Kid and a 5-nucleotide substrate RNA fragment (AUACA)
要素
  • 5'-R(*AP*UP*AP*CP*AP)-3'
  • KID TOXIN PROTEIN
キーワードTOXIN / DOCKING / DNA REPLICATION / MAZF / PLASMID MAINTENANCE / POST SEGREGATIONAL KILLING / PROTEIN-RNA COMPLEX / RIBONUCLEASE / RNA CLEAVAGE / RNASE / TOXIN-ANTITOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #110 / mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Endoribonuclease PemK
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法溶液NMR / HADDOCK
データ登録者Kamphuis, M.B. / Bonvin, A.M.J.J. / Monti, M.C. / Lemonnier, M. / Munoz-Gomez, A. / Van Den Heuvel, R.H.H. / Diaz-Orejas, R. / Boelens, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Model for RNA Binding and the Catalytic Site of the Rnase Kid of the Bacterial Pard Toxin-Antitoxin System.
著者: Kamphuis, M.B. / Bonvin, A.M.J.J. / Monti, M.C. / Lemonnier, M. / Munoz-Gomez, A. / Van Den Heuvel, R.H.H. / Diaz-Orejas, R. / Boelens, R.
履歴
登録2005年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年1月15日Group: Data collection / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: KID TOXIN PROTEIN
B: KID TOXIN PROTEIN
C: 5'-R(*AP*UP*AP*CP*AP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3463
ポリマ－25,3463
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200LOWEST 10 ENERGY STRUCTURES IN LOWEST ENERGY CLUSTER
代表モデルモデル #1

-
要素

#1: タンパク質 KID TOXIN PROTEIN / PROTEIN PEMK


分子量: 11895.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: R1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P13976
#2: RNA鎖 5'-R(*AP*UP*AP*CP*AP)-3'


分子量: 1554.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
構成要素の詳細RESPONSIBLE FOR THE STABLE MAINTENANCE OF THE PLASMID DURING CELL DIVISION
配列の詳細THE DATABASE REFERENCE SEQUENCE FOR PEMK PROTEIN (UNIPROT ACCESSION NUMBER P13976) IS THE CLOSEST ...THE DATABASE REFERENCE SEQUENCE FOR PEMK PROTEIN (UNIPROT ACCESSION NUMBER P13976) IS THE CLOSEST MATCH TO KID TOXIN PROTEIN. THEIR SEQUENCES ARE IDENTICAL, HOWEVER PEMK HAS A LONG LEADER SEQUENCE NOT PRESENT IN KID TOXIN PROTEIN.

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 1H-15N HSQC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE OF THE COMPLEX WAS DETERMINED WITH HADDOCK USING 28 AMBIGUOUS INTERACTION RESTRAINTS DERIVED FROM NMR CHEMICAL SHIFT PERTURBATION DATA, MUTAGENESIS DATA AND KNOWN RNA CLEAVAGE ...Text: THE STRUCTURE OF THE COMPLEX WAS DETERMINED WITH HADDOCK USING 28 AMBIGUOUS INTERACTION RESTRAINTS DERIVED FROM NMR CHEMICAL SHIFT PERTURBATION DATA, MUTAGENESIS DATA AND KNOWN RNA CLEAVAGE MECHANISM, USING THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE KID DIMER (PDB ENTRY 1M1F) AS STARTING POINT. THE CHEMICAL SHIFT PERTURBATION DATA WERE OBTAINED BY ANALYSIS OF 1H-15N HSQC SPECTRA RECORDED WITH INCREASING RNA CONCENTRATIONS.

-
試料調製

詳細内容: 95% D2O / 5% WATER
試料状態イオン強度: 100 mM / pH: 5.8 / 圧: 1.0 atm / 温度: 303.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 750 MHz

-
解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
NMRView構造決定
CNS構造決定
HADDOCK構造決定
精密化手法: HADDOCK / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURE OF THE COMPLEX WAS CALCULATED WITH HADDOCK FOLLOWING STANDARD PROTOCOLS DOMINGUEZ, BOELENS AND BONVIN, JACS 2003, 125, 1731-1737
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST 10 ENERGY STRUCTURES IN LOWEST ENERGY CLUSTER
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る