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Yorodumi- PDB-6w04: Crystal structure of HAD hydrolase, family IA, variant 3 from Ent... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6w04 | ||||||
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Title | Crystal structure of HAD hydrolase, family IA, variant 3 from Entamoeba histolytica HM-1:IMSS | ||||||
Components | HAD hydrolase, family IA, variant 3 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / SSGCID / Entamoeba histolytica / HAD hydrolase / family IA / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily / HAD-like superfamily / hydrolase activity / HAD hydrolase, family IA, variant 3 Function and homology information | ||||||
Biological species | Entamoeba histolytica (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of HAD hydrolase, family IA, variant 3 from Entamoeba histolytica HM-1:IMSS Authors: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6w04.cif.gz | 131.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6w04.ent.gz | 84.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6w04.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6w04_validation.pdf.gz | 437.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6w04_full_validation.pdf.gz | 438.1 KB | Display | |
Data in XML | 6w04_validation.xml.gz | 11.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6w04_validation.cif.gz | 16.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/6w04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/6w04 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26373.367 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Entamoeba histolytica (eukaryote) / Gene: EHI_073350 / Plasmid: EnhiA.01283.a.AE1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: C4LXK0, Hydrolases |
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#2: Chemical | ChemComp-MG / |
#3: Chemical | ChemComp-EDO / |
#4: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 24.5 mg/mL EnhiA.01283.a.AE1.PS38608 (labeled as BrabA.17285.c.AE2) in 3 mM magnesium chloride against MCSG1_A2-C2 optimization screen, condition g3 (200 mM ammonium sulfate, 26% w/v ...Details: 24.5 mg/mL EnhiA.01283.a.AE1.PS38608 (labeled as BrabA.17285.c.AE2) in 3 mM magnesium chloride against MCSG1_A2-C2 optimization screen, condition g3 (200 mM ammonium sulfate, 26% w/v PEG3350, 100 mM Bis-Tris-HCl, pH 5.4), cryoprotectant: 15% ethylene glycol + 3 mM magnesium chloride in two steps, tray: 314701g3, puck wrw2-2, for experimental phasing, a crystal from MCSG1_A2-C2 optimization screen, condition e7 (300 mM lithium sulfate, 24% w/v PEG3350, 100 mM Bis-Tris-HCl, pH 5.0) was soaked for 20 seconds in 90% reservoir + 10% 5 M sodium iodide in ethylene glycol, followed by another 20-second soak in 80% reservoir + 20% 5 M sodium iodide in ethylene glycol, vitrified in liquid nitrogen, tray 314703e7, puck ynn3-8 |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 19394 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.521 % / Biso Wilson estimate: 40.227 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 18.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.95→33.03 Å / SU ML: 0.2146 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 20.8296
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.11 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→33.03 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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