- PDB-2br0: DNA Adduct Bypass Polymerization by Sulfolobus solfataricus Dpo4.... -
+
データを開く
IDまたはキーワード:
読み込み中...
-
基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2br0
タイトル
DNA Adduct Bypass Polymerization by Sulfolobus solfataricus Dpo4. Analysis and Crystal Structures of Multiple Base-Pair Substitution and Frameshift Products with the Adduct 1,N2-Ethenoguanine
マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.49 % 解説: THE PDB WITH ACCESSION CODE 2BQ3 SERVED AS STARTING MODEL. THE MODEL POSITION WAS OPTIMIZED BY SEVERAL ROUNDS OF RIGID BODY REFINEMENT.
結晶化
pH: 7 詳細: 16% PEG 3350, 0.1 M HEPES PH 7.0, 100 MM CALCIUM ACETATE, 2.5% GLYCEROL, 0.5 MM DDGTP
-
データ収集
回折
平均測定温度: 110 K
放射光源
由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.92
検出器
タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月4日
放射
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.17→29.81 Å / Num. obs: 26856 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 50 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル
解像度: 2.17→2.31 Å / % possible all: 95.9
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
CNS
1.1
精密化
XDS
データ削減
XDS
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.17→29.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1462408.93 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: THE FIRST NUCLEOTIDE OF THE TEMPLATE DNA IS NOT OBSERVED IN THE STRUCTURE.