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- PDB-2xc9: BINARY COMPLEX OF SULFOLOBUS SOLFATARICUS DPO4 DNA POLYMERASE AND... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xc9
タイトルBINARY COMPLEX OF SULFOLOBUS SOLFATARICUS DPO4 DNA POLYMERASE AND 1, N2-ETHENOGUANINE MODIFIED DNA, MAGNESIUM FORM
要素
  • 5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*CP*G)-3'
  • 5'-D(*TP*CP*AP*CP*GNEP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP* CP*CP*CP*CP*C)-3'
  • DNA POLYMERASE IV
キーワードTRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE-DNA COMPLEX / TRANSLESION NUCLEOTIDYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain ...DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Irimia, A. / Loukachevitch, L.V. / Egli, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Metal Ion Dependence of the Active Site Conformation of the Trans-Lesion DNA Polymerase Dpo4 from Sulfolobus Solfataricus
著者: Irimia, A. / Loukachevitch, L.V. / Eoff, R.L. / Guengerich, F.P. / Egli, M.
履歴
登録2010年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA POLYMERASE IV
P: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*CP*G)-3'
T: 5'-D(*TP*CP*AP*CP*GNEP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP* CP*CP*CP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9093
ポリマ－50,9093
非ポリマー00
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5150 Å2
ΔGint-38.6 kcal/mol
Surface area20230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.722, 102.125, 53.004
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 DNA POLYMERASE IV / POL IV


分子量: 41086.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: DPO4 / プラスミド: PET22B/DPO4-NHIS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97W02, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*CP*G)-3' / 14-MER PRIMER


分子量: 4425.876 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*AP*CP*GNEP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP* CP*CP*CP*CP*C)-3' / 18-MER TEMPLATE


分子量: 5396.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE N-TERMINAL 6 RESIDUES HIS TAG ARE DISORDERED AND MISSING FROM THE STRUCTURE. THE C-TERMINAL 11 ...THE N-TERMINAL 6 RESIDUES HIS TAG ARE DISORDERED AND MISSING FROM THE STRUCTURE. THE C-TERMINAL 11 RESIDUES ARE DISORDERED AND ABSENT FROM THE STRUCTURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.08 %
解説: THE MODEL POSITION WAS OPTIMIZED BY SEVERAL ROUNDS OF RIGID BODY REFINEMENT.
結晶化pH: 7.5
詳細: 12-20% POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M MAGNESIUM ACETATE, AND 20 MM TRIS (PH 7.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月12日
詳細: ROSENBAUM-ROCK MONOCHROMATOR HIGH -RESOLUTION DOUBLE-CRYSTAL SI (111) SAGITTAL FOCUSING. ROSENBAUM-ROCK VERTICAL FOCUSING MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→26.91 Å / Num. obs: 26245 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 43.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 36.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BQ3

2bq3


解像度: 2.2→26.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1362679.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1270 4.8 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.221 26245 99.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.325 Å2 / ksol: 0.309453 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.44 Å20 Å20 Å2
2---2.43 Å20 Å2
3----4.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.29 Å
Luzzati d res low-50 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→26.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2744 617 0 247 3608
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.08
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.421.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.322
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.192.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 226 5.3 %
Rwork0.277 4015 -
obs--98.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_NEW.PARAMDNA-RNA_NEW.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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