[日本語] English
万見
- PDB-2bov: Molecular recognition of an ADP-ribosylating Clostridium botulinu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bov
タイトルMolecular recognition of an ADP-ribosylating Clostridium botulinum C3 exoenzyme by RalA GTPase
要素
  • MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3
  • RAS-RELATED PROTEIN RAL-A
キーワードTRANSFERASE / C3BOT / EXOENZYME / RALA / GTPASE / ADP / RIBOSYLATING TOXIN / GTP-BINDING / LIPOPROTEIN / PRENYLATION / GLYCOSYLTRANSFERASE / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane raft localization / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / establishment of protein localization to mitochondrion / regulation of exocytosis / Flemming body / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of filopodium assembly / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of mitochondrial fission / myosin binding ...membrane raft localization / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / establishment of protein localization to mitochondrion / regulation of exocytosis / Flemming body / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of filopodium assembly / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of mitochondrial fission / myosin binding / exocytosis / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / cleavage furrow / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / p38MAPK events / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / nucleotidyltransferase activity / small monomeric GTPase / G protein activity / synaptic membrane / neural tube closure / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / Schaffer collateral - CA1 synapse / cytoplasmic vesicle membrane / receptor internalization / GDP binding / chemotaxis / ATPase binding / Ras protein signal transduction / cell cycle / cell division / focal adhesion / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / cell surface / signal transduction / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mono-ADP-ribosyltransferase C3/Edin / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases ...Mono-ADP-ribosyltransferase C3/Edin / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related protein Ral-A / Mono-ADP-ribosyltransferase C3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
CLOSTRIDIUM BOTULINUM (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Holbourn, K.P. / Sutton, J.M. / Evans, H.R. / Shone, C.C. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Molecular Recognition of an Adp-Ribosylating Clostridium Botulinum C3 Exoenzyme by Rala Gtpase
著者: Holbourn, K.P. / Sutton, J.M. / Evans, H.R. / Shone, C.C. / Acharya, K.R.
履歴
登録2005年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2005年4月15日ID: 1WCA
改定 1.02005年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RAS-RELATED PROTEIN RAL-A
B: MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9494
ポリマ－51,4812
非ポリマー4682
水4,702261
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)56.629, 90.836, 100.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 RAS-RELATED PROTEIN RAL-A / RALA


分子量: 23603.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P11233
#2: タンパク質 MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3 / C3BOT1 EXOENZYME / EXOENZYME C3


分子量: 27877.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM BOTULINUM (ボツリヌス菌)
プラスミド: PMAL / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: P15879, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細FUNCTION: ADP-RIBOSYLATION IN EUKARYOTIC RHO AND RAC PROTEINS ON AN ASPARAGINE RESIDUE

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化pH: 7.3
詳細: 0.1M HEPES PH 7.3 12-15% ETHYLENE GLYCOL 14-18% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→50 Å / Num. obs: 15556 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 15.6 % / Biso Wilson estimate: 27.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.66→2.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G24 AND 1UAD

1g24

1uad


解像度: 2.66→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 915 5.9 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.206 15430 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.3303 Å2 / ksol: 0.375286 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.98 Å20 Å20 Å2
2---1.44 Å20 Å2
3---2.43 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.66→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3024 0 29 261 3314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.66→2.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 151 6 %
Rwork0.213 2385 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る