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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bml | ||||||
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タイトル | Ofloxacin-like antibiotics inhibit pneumococcal cell wall degrading virulence factors | ||||||
![]() | AUTOLYSIN | ||||||
![]() | CHOLINE-BINDING DOMAIN / CELL WALL ATTACHMENT / OFLOXACIN-LIKE ANTIBIOTICS | ||||||
機能・相同性 | ![]() N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / establishment of competence for transformation / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fernandez-Tornero, C. / Gimenez-Gallego, G. / Romero, A. / Garcia, E. / Pascual-Teresa, B.D. / Lopez, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Ofloxacin-Like Antibiotics Inhibit Pneumococcal Cell Wall-Degrading Virulence Factors 著者: Fernandez-Tornero, C. / Garcia, E. / Lopez, R. / Pascual-Teresa, B.D. / Gimenez-Gallego, G. / Romero, A. #1: ![]() タイトル: A Novel Solenoid Fold in the Cell Wall Anchoring Domain of the Pneumococcal Virulence Factor Lyta 著者: Fernandez-Tornero, C. / Garcia, E. / Lopez, R. / Gimenez-Gallego, G. / Romero, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1hcxS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.95447, 0.29818, 0.00892), ベクター: |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 14892.502 Da / 分子数: 2 / 断片: CHOLINE-BINDING DOMAIN, RESIDUES 193-318 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PCE17 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 64分子 ![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/XED.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/XED.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-XED / | #5: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.92 % |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: CRYSTALS WERE GROWN FROM A 12 MG/ML PROTEIN SOLUTION OVER A WELL SOLUTION CONTAINING 2M AMMONIUM SULPHATE AND 2% (W/V) PEG 400 BUFFERED WITH 0.1M HEPES (PH 7.5). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0163 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 9193 / % possible obs: 87.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 49.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→20 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 91.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1HCX 解像度: 2.6→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 704892.21 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 82.541 Å2 / ksol: 0.676592 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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