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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bd2 | ||||||
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タイトル | Porcine pancreatic elastase complexed with beta-casomorphin-7 and Arg-Phe at pH 5.0 | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / SERINE PROTEINASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, B. / Schofield, C.J. / Wilmouth, R.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Structural analyses on intermediates in serine protease catalysis 著者: Liu, B. / Schofield, C.J. / Wilmouth, R.C. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Structure of a specific acyl-enzyme complex formed between beta-casomorphin-7 and porcine pancreatic elastase 著者: Wilmouth, R.C. / Clifton, I.J. / Robinson, C.V. / Roach, P.L. / Aplin, R.T. / Westwood, N.J. / Hajdu, J. / Schofield, C.J. #2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001 タイトル: X-ray snapshots of serine protease catalysis reveal a tetrahedral intermediate 著者: Wilmouth, R.C. / Edman, K. / Neutze, R. / Wright, P.A. / Clifton, I.J. / Schneider, T.R. / Schofield, C.J. / Hajdu, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2bd2.cif.gz | 64.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2bd2.ent.gz | 45.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2bd2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2bd2_validation.pdf.gz | 474.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2bd2_full_validation.pdf.gz | 476 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2bd2_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2bd2_validation.cif.gz | 16.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/2bd2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/2bd2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2bb4C 2bd3C 2bd4C 2bd5C 2bd7C 2bd8C 2bd9C 2bdaC 2bdbC 2bdcC 2h1uC 3estS 2bd6 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質・ペプチド / タンパク質 , 2種, 2分子 PA
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 863.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide |
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#2: タンパク質 | 分子量: 25928.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase |
-非ポリマー , 5種, 132分子
#3: 化合物 | ChemComp-ARG / |
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#4: 化合物 | ChemComp-CA / |
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#6: 化合物 | ChemComp-PHE / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
非ポリマーの詳細 | OG SER A 195, C ILE P 7 AND N ARG 1001 ARE COVALENTLY配列の詳細 | THIS CONFLICT IS BASED ON THE REFERENCE 3 IN SEQUENCE DATABASE, P00772 IN SWISS-PROT. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.17 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 25MM SODIUM SULPHATE, 25MM SODIUM ACETATE (PH 5.0), 25 MG/ML PPE AND 17.5 MG/ML BCM7, AND THEN SOAKED WITH ARG-PHE (2MG) IN 250MM SODIUM ACETATE (PH 5.0) (5 MICROLITRES) FOR 45 MIN, VAPOR ...詳細: 25MM SODIUM SULPHATE, 25MM SODIUM ACETATE (PH 5.0), 25 MG/ML PPE AND 17.5 MG/ML BCM7, AND THEN SOAKED WITH ARG-PHE (2MG) IN 250MM SODIUM ACETATE (PH 5.0) (5 MICROLITRES) FOR 45 MIN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 127 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年6月30日 / 詳細: OSMIC mirrors |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→19.6 Å / Num. obs: 24541 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 15.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 22.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / Num. unique all: 3510 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3EST 解像度: 1.7→19.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 3.483 / SU ML: 0.06 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.974 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -4.1583 Å / Origin y: 28.2599 Å / Origin z: 42.9615 Å
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精密化 TLSグループ | Selection: ALL |