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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2aha | |||||||||
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タイトル | Crystal structure analysis of a rate-enhanced variant of redox-sensitive green fluorescent protein in the reduced form, roGFP1-R8. | |||||||||
要素 | Green fluorescent protein | |||||||||
キーワード | LUMINESCENT PROTEIN / beta barrel / chromophore / disulfide | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å | |||||||||
データ登録者 | Cannon, M.B. / Remington, S.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2006 タイトル: Re-engineering redox-sensitive green fluorescent protein for improved response rate. 著者: Cannon, M.B. / Remington, S.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2aha.cif.gz | 107.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2aha.ent.gz | 79.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2aha.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2aha_validation.pdf.gz | 462.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2aha_full_validation.pdf.gz | 484.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2aha_validation.xml.gz | 23.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2aha_validation.cif.gz | 32.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/2aha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/2aha | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26902.295 Da / 分子数: 2 / 断片: GFP / 変異: Q80R,C48S,S147C,Q204C,K41D,F223R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / プラスミド: pRSET-b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: P42212 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.6 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: sodium phosphate/citrate, ammonium sulfate, DTT, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 45664 / Num. obs: 45355 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Χ2: 8.694 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 50.7 / Num. measured obs: 4462 / Χ2: 3.323 / % possible all: 99.9 |
-位相決定
Phasing MR | Rfactor: 0.537 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.285
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1EMA 解像度: 1.98→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT
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溶媒の処理 | Bsol: 150 Å2 / ksol: 0.8 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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