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万見
- PDB-2ah8: roGFP1-R7. Cystal structure analysis of a rate-enhanced variant o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ah8
タイトルroGFP1-R7. Cystal structure analysis of a rate-enhanced variant of redox-sensitive green fluorescent protein in the oxidized form.
要素Green fluorescent protein
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / beta barrel / chromophore / disulfide
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Cannon, M.B. / Remington, S.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2006
タイトル: Re-engineering redox-sensitive green fluorescent protein for improved response rate.
著者: Cannon, M.B. / Remington, S.J.
履歴
登録2005年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32015年1月21日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.62021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
B: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9863
ポリマ－53,9172
非ポリマー691
水2,936163
1
A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0282
ポリマ－26,9581
非ポリマー691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9581
ポリマ－26,9581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Green fluorescent protein
B: Green fluorescent protein
ヘテロ分子

A: Green fluorescent protein
B: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,9726
ポリマ－107,8344
非ポリマー1382
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area7960 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area32640 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)126.2970, 126.2970, 78.4120
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 26958.488 Da / 分子数: 2 / 断片: GFP / 変異: Q80R,C48S,S147C,Q204C,S202K,F223R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / プラスミド: pRSET-b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: sodium citrate, imidazole, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 36885 / Num. obs: 36457 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 0.821
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.634 / Num. measured obs: 3608 / Χ2: 0.594 / % possible all: 99.9

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.602 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.149
最高解像度最低解像度
Translation4 Å15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR2.5位相決定
TNT精密化
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EMA

1ema


解像度: 2.24→24 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 3722 -RANDOM
Rwork0.196 ---
all0.202 36885 --
obs0.202 36457 99 %-
溶媒の処理Bsol: 150 Å2 / ksol: 0.8 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.12 Å2-6.12 Å20 Å2
2---6.12 Å20 Å2
3---12.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3546 0 5 163 3714
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2.24-2.320.29X-RAY DIFFRACTION3225
2.32-2.420.27X-RAY DIFFRACTION3640
2.42-2.540.25X-RAY DIFFRACTION3664
2.54-2.680.25X-RAY DIFFRACTION3654
2.68-2.870.25X-RAY DIFFRACTION3643
2.87-3.120.24X-RAY DIFFRACTION3667
3.12-3.490.2X-RAY DIFFRACTION3692
3.49-4.130.18X-RAY DIFFRACTION3697
4.13-5.940.13X-RAY DIFFRACTION3726
5.94-240.21X-RAY DIFFRACTION3847

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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