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万見
- PDB-2a8b: Crystal Structure of the Catalytic Domain of Human Tyrosine Phosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a8b
タイトルCrystal Structure of the Catalytic Domain of Human Tyrosine Phosphatase Receptor, Type R
要素Receptor-type tyrosine-protein phosphatase R
キーワードHYDROLASE / Protein Tyrosine Phosphatase / Receptor / Human / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of epithelial cell migration / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / ERBB2 signaling pathway / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell junction / in utero embryonic development / membrane => GO:0016020 ...negative regulation of epithelial cell migration / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / ERBB2 signaling pathway / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell junction / in utero embryonic development / membrane => GO:0016020 / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, receptor type R/non-receptor type 5 / Protein-tyrosine phosphatase, KIM-containing / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif ...Protein-tyrosine phosphatase, receptor type R/non-receptor type 5 / Protein-tyrosine phosphatase, KIM-containing / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor-type tyrosine-protein phosphatase R
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ugochukwu, E. / Eswaran, J. / Barr, A. / Longman, E. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / von Delft, F. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2006
タイトル: Crystal structures and inhibitor identification for PTPN5, PTPRR and PTPN7: a family of human MAPK-specific protein tyrosine phosphatases.
著者: Eswaran, J. / von Kries, J.P. / Marsden, B. / Longman, E. / Debreczeni, J.E. / Ugochukwu, E. / Turnbull, A. / Lee, W.H. / Knapp, S. / Barr, A.J.
履歴
登録2005年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2005年7月19日ID: 1ZEP
改定 1.02005年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3192
ポリマ－32,2841
非ポリマー351
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.193, 74.098, 62.328
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Receptor-type tyrosine-protein phosphatase R / Protein-tyrosine phosphatase PCPTP1 / NC-PTPCOM1 / Ch-1PTPase


分子量: 32284.033 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 375-655 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPRR, ECPTP / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q15256, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MPD, (NH4)H2PO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→62.3 Å / Num. all: 13565 / Num. obs: 13031 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JLN.pdb

1jln


解像度: 2.3→62.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 16.144 / SU ML: 0.203 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.405 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25554 640 4.9 %RANDOM
Rwork0.19205 ---
all0.19515 12390 --
obs0.19515 12390 96.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.545 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.45 Å20 Å20 Å2
2--2.47 Å20 Å2
3----1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→62.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2220 0 1 132 2353
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222269
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3171.9483082
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97634771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6115282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.07123.7100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.06415387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7491516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022510
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02449
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.2504
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1790.22215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.21119
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21388
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1540.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.230.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2050.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5091.51462
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0881.5570
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.83122302
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1513935
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8244.5780
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 47 -
Rwork0.248 914 -
obs--98.16 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.8549 Å / Origin y: 17.61 Å / Origin z: 17.7851 Å
111213212223313233
T-0.128 Å2-0.007 Å20.0017 Å2--0.0789 Å20.0069 Å2---0.1083 Å2
L1.5231 °20.284 °20.1894 °2-1.5904 °2-0.3311 °2--1.4891 °2
S-0.0642 Å °0.1909 Å °-0.0233 Å °-0.1781 Å °0.1225 Å °0.0969 Å °0.0631 Å °-0.1926 Å °-0.0583 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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