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万見
- PDB-2a6d: Crystal structure analysis of the anti-arsonate germline antibody... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a6d
タイトルCrystal structure analysis of the anti-arsonate germline antibody 36-65 in complex with a phage display derived dodecapeptide RLLIADPPSPRE
要素
  • Dodecapeptide, RLLIADPPSPRE
  • Germline antibody 36-65 Fab Heavy chain
  • Germline antibody 36-65 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Germline / FAB / ANTIBODY
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Sethi, D.K. / Agarwal, A. / Manivel, V. / Rao, K.V. / Salunke, D.M.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2006
タイトル: Differential epitope positioning within the germline antibody paratope enhances promiscuity in the primary immune response.
著者: Sethi, D.K. / Agarwal, A. / Manivel, V. / Rao, K.V. / Salunke, D.M.
履歴
登録2005年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE THE SEQUENCE IS NOT DEPOSITED IN ANY SEQUENCE DATABASE EXCEPT RESIDUES 1 TO 120 OF CHAINS ...SEQUENCE THE SEQUENCE IS NOT DEPOSITED IN ANY SEQUENCE DATABASE EXCEPT RESIDUES 1 TO 120 OF CHAINS B,H WHICH CORRESPOND TO DEPOSITED SEQUENCE OF THE HEAVY CHAIN VARIABLE REGION OF ANTI-ARSONATE ANTIBODY 36-65

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
L: Germline antibody 36-65 Fab light chain
H: Germline antibody 36-65 Fab Heavy chain
A: Germline antibody 36-65 Fab light chain
B: Germline antibody 36-65 Fab Heavy chain
P: Dodecapeptide, RLLIADPPSPRE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6655
ポリマ－96,6655
非ポリマー00
水1,40578
1
L: Germline antibody 36-65 Fab light chain
H: Germline antibody 36-65 Fab Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6502
ポリマ－47,6502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19820 Å2
手法PISA
2
A: Germline antibody 36-65 Fab light chain
B: Germline antibody 36-65 Fab Heavy chain
P: Dodecapeptide, RLLIADPPSPRE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0153
ポリマ－49,0153
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.302, 145.670, 71.347
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Germline antibody 36-65 Fab light chain


分子量: 23707.049 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Mouse monoclonal / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: A/J
#2: 抗体 Germline antibody 36-65 Fab Heavy chain


分子量: 23942.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Mouse monoclonal / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド Dodecapeptide, RLLIADPPSPRE


分子量: 1365.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: chemically synthesized (Phage display derived peptide)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 18% PEG 8000, cacodylate, 0.05% azide, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年1月1日 / 詳細: monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→100 Å / Num. all: 23421 / Num. obs: 23421 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 6.87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FAB

6fab


解像度: 2.9→100 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1787 -RANDOM
Rwork0.23 ---
all0.232 23395 --
obs0.232 18109 77.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6714 0 0 78 6792
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.83949
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012067

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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