+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zwm | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NMR structure of murine gamma-S crystallin | ||||||
要素 | Gamma crystallin S | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / alignment / deuteration / liquid crystal / Pf1 / relaxation / RDC / residual dipolar coupling / molecular fragment replacement / MFR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception / morphogenesis of an epithelium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / MFR, simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Wu, Z. / Delaglio, F. / Wyatt, K. / Wistow, G. / Bax, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005 タイトル: Solution structure of (gamma)S-crystallin by molecular fragment replacement NMR. 著者: Wu, Z. / Delaglio, F. / Wyatt, K. / Wistow, G. / Bax, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zwm.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1zwm.ent.gz | 945.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zwm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/1zwm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/1zwm | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20747.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Crygs / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O35486 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
---|---|
NMR実験の詳細 | Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. |
-試料調製
詳細 | 内容: 0.7-1.5 mM gS, 25 mM imidazole, pH 6.0, 10 mM KCl, 0.04% NaN3. Dipolar couplings measured in 2H/15N/13C gammaS, in stretched polyacrylamide gel, and in 3 mg/mL Pf1 (gelled), 120 mM KCl; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
---|---|
試料状態 | イオン強度: 25 mM imidazole, 10 mM KCl, 0.04% NaN3 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
---|---|
放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DRX600 with PFG cryoprobe / 製造業者: Bruker / モデル: DRX600 with PFG cryoprobe / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: MFR, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: simulated annealing, including a H-bond potential of mean force, H-bond pairing was determined automatically, no explicit H-bond pairing restraints were used; tight backbone torsion angle ...詳細: simulated annealing, including a H-bond potential of mean force, H-bond pairing was determined automatically, no explicit H-bond pairing restraints were used; tight backbone torsion angle restraints are derived from a search through the RCSB for fragments that match experimental dipolar couplings | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |