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- PDB-1zsy: The structure of human mitochondrial 2-enoyl thioester reductase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zsy
タイトルThe structure of human mitochondrial 2-enoyl thioester reductase (CGI-63)
要素MITOCHONDRIAL 2-ENOYL THIOESTER REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / MEDIUM-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE / 2-ENOYL THIOESTER REDUCTASE / FATTY ACID SYNTHESIS (TYPE 2) / STRUCTURAL GENOMICS / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) / Beta oxidation of decanoyl-CoA to octanoyl-CoA-CoA / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily ...: / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Lukacik, P. / Shafqat, N. / Kavanagh, K.L. / Johansson, C. / Smee, C. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / von Delft, F. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of human mitochondrial 2-enoyl thioester reductase (CGI-63)
著者: Lukacik, P. / Shafqat, N. / Kavanagh, K.L. / Johansson, C. / Smee, C. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / von Delft, F. / Oppermann, U.
履歴
登録2005年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MITOCHONDRIAL 2-ENOYL THIOESTER REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2995
ポリマ－38,9271
非ポリマー3724
水6,215345
1
A: MITOCHONDRIAL 2-ENOYL THIOESTER REDUCTASE
ヘテロ分子

A: MITOCHONDRIAL 2-ENOYL THIOESTER REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,59810
ポリマ－77,8542
非ポリマー7458
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.190, 117.184, 127.372
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-801-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 MITOCHONDRIAL 2-ENOYL THIOESTER REDUCTASE / Trans-2-enoyl-CoA reductase / HsNrbf-1 / NRBF-1 / CGI-63 / Nuclear receptor-binding factor 1


分子量: 38926.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: homolog of yeast 2-enoyl thioester reductase / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MECR, NBRF1 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9BV79, trans-2-enoyl-CoA reductase (NADPH)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M Ammonium Sulphate, 0.16M SODIUM CHLORIDE, 0.08M Sodium Cacodylate , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月10日
放射モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111) MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→44.6 Å / Num. all: 55668 / Num. obs: 55668 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 8171 / Rsym value: 0.435 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GU7

1gu7


解像度: 1.75→39.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.174 / SU ML: 0.053 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 2813 5.1 %RANDOM
Rwork0.16974 ---
all0.17104 52854 --
obs0.17104 52854 98.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.224 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.02 Å20 Å20 Å2
2--0.69 Å20 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2604 0 23 345 2972
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222766
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4191.9863775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5335375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.86924.434106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.13815468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5921518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022077
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.21302
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.21934
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1640.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1480.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.88831831
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.92452896
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1581032
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.55912869
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 229 -
Rwork0.215 3891 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.74 Å / Origin y: 18.974 Å / Origin z: 19.127 Å
111213212223313233
T-0.0346 Å2-0.0024 Å2-0.0048 Å2--0.0641 Å2-0.0234 Å2---0.0416 Å2
L1.6535 °20.1537 °20.5231 °2-0.3879 °20.0901 °2--0.6189 °2
S0.0303 Å °0.082 Å °-0.1117 Å °0.0182 Å °0.0328 Å °-0.0562 Å °0.0204 Å °0.0232 Å °-0.0631 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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