PDB-5lb9: Structure of the T175V Etr1p mutant in the monoclinic form P21

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lb9

タイトル

Structure of the T175V Etr1p mutant in the monoclinic form P21

要素

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH, B-specific] 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Negative catalysis / enzyme / NADP / mitochondria / mutant / crotonyl-coa / reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

trans-2-enoyl-CoA reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida tropicalis (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wagner, T. / Rosenthal, R.G. / Voegeli, B. / Shima, S. / Erb, T.J.

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: A conserved threonine prevents self-intoxication of enoyl-thioester reductases.
著者: Rosenthal, R.G. / Vogeli, B. / Wagner, T. / Shima, S. / Erb, T.J.

履歴

登録	2016年6月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月24日	Group: Database references
改定 1.2	2017年6月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lb9.cif.gz	310.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lb9.ent.gz	251.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lb9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/5lb9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/5lb9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lbxC 4w99S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1h0k-d 1gu7-d 4was-1 1guf-d 4was-2 5lbx-d 1f6d-2 5w94-1 3gc8-d 1zsy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (7) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH, B-specific] 1, mitochondrial

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH, B-specific] 1, mitochondrial

ヘテロ分子

86.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.416, 101.861, 81.593
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH, B-specific] 1, mitochondrial / Trans-2-enoyl-CoA reductase 1 分子量: 42087.160 Da / 分子数: 2 / 変異: T175V / 由来タイプ: 組換発現詳細: The 20 first residues are not visible in the crystal structure. The sequence corresponds to the fragment 23-386 from the original gene sequence. 由来: (組換発現) Candida tropicalis (酵母) / 遺伝子: ETR1 / プラスミド: pTE264 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q8WZM3, EC: 1.3.1.10, trans-2-enoyl-CoA reductase (NADPH)

#1: タンパク質

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH, B-specific] 1, mitochondrial / Trans-2-enoyl-CoA reductase 1

分子量: 42087.160 Da / 分子数: 2 / 変異: T175V / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The 20 first residues are not visible in the crystal structure. The sequence corresponds to the fragment 23-386 from the original gene sequence.
由来: (組換発現)

Candida tropicalis (酵母) / 遺伝子: ETR1 / プラスミド: pTE264
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8WZM3, EC: 1.3.1.10, trans-2-enoyl-CoA reductase (NADPH)

-
非ポリマー , 5種, 540分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.42 % / 解説: Rod shape crystal of 500 micron length
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: Etr1p was crystallized at 15 mg/mL with 5 mM NADP and 5 mM of crotonyl-CoA in the gel filtration buffer (100 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl pH 7.9). Crystals appeared after several days in 1.85 M ...詳細: Etr1p was crystallized at 15 mg/mL with 5 mM NADP and 5 mM of crotonyl-CoA in the gel filtration buffer (100 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl pH 7.9). Crystals appeared after several days in 1.85 M (NH4)2SO4, 100 mM ADA pH 6.4 using streak seeding PH範囲: 6.2 -6.5 / Temp details: Appeared at room temperature about 298 K

結晶

マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.42 % / 解説: Rod shape crystal of 500 micron length

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: Etr1p was crystallized at 15 mg/mL with 5 mM NADP and 5 mM of crotonyl-CoA in the gel filtration buffer (100 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl pH 7.9). Crystals appeared after several days in 1.85 M ...
PH範囲: 6.2 -6.5 / Temp details: Appeared at room temperature about 298 K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.73913 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.73913 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→49.47 Å / Num. obs: 60612 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_sym value: 0.039 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 91.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4W99

4w99

解像度: 2.1→42.977 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1859	2979	4.92 %
R_work	0.152	-	-
obs	0.1537	60552	95.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.977 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5596	0	152	517	6265

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5883
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.893	8010
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.167	3473
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	910
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1019

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1344	0.4033	111	0.4259	2610	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1344-2.1712	0.3584	111	0.3281	2584	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1712-2.2107	0.3104	137	0.2331	2640	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2107-2.2532	0.2448	162	0.205	2639	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2532-2.2992	0.2345	132	0.195	2611	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2992-2.3492	0.2145	141	0.1908	2686	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3492-2.4039	0.2178	133	0.1815	2736	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4039-2.464	0.2382	140	0.1682	2702	X-RAY DIFFRACTION	95
2.464-2.5306	0.1954	144	0.1598	2746	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5306-2.605	0.2008	149	0.1545	2800	X-RAY DIFFRACTION	98
2.605-2.6891	0.1808	159	0.1478	2749	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6891-2.7852	0.2058	144	0.1537	2801	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7852-2.8967	0.1843	165	0.1566	2794	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8967-3.0285	0.1854	150	0.1577	2738	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0285-3.1881	0.1949	138	0.1465	2817	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1881-3.3878	0.1747	160	0.1461	2792	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3878-3.6492	0.1581	140	0.1368	2790	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6492-4.0162	0.1804	152	0.129	2786	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0162-4.5968	0.1426	148	0.1115	2794	X-RAY DIFFRACTION	97
4.5968-5.7893	0.1497	122	0.1207	2873	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7893-42.9861	0.1756	141	0.1639	2885	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0393	-0.3722	0.2411	3.0945	-0.7875	1.4137	-0.2117	-0.2927	0.646	0.7452	0.1015	0.2386	-0.6815	0.008	0.1111	0.669	0.0053	-0.0996	0.3127	-0.0321	0.4541	-7.6876	111.5745	56.9664
2	1.0575	0.0264	0.5222	1.0517	0.0954	2.5204	-0.0236	-0.1146	0.099	0.2214	-0.0111	-0.0452	-0.0566	-0.0502	0.0212	0.2042	-0.0036	-0.0303	0.1723	0.0385	0.2413	-8.3627	95.4356	41.8852
3	3.0789	-0.9689	0.2066	1.656	0.2626	2.8205	-0.0637	0.0941	-0.0791	0.0144	0.0525	-0.1159	0.0376	-0.0478	0.0096	0.1756	-0.009	0.0029	0.1685	0.0001	0.1954	-17.0958	92.1771	21.5917
4	2.2599	-0.1195	0.8427	4.3843	0.2287	2.104	0.1258	0.2998	0.2515	0.0288	-0.188	-0.6942	0.0351	0.3125	-0.0033	0.3276	0.0445	-0.0204	0.3706	0.1206	0.2984	-2.3107	99.056	45.3723
5	1.3886	-0.18	-0.4106	1.1309	0.4969	1.4626	-0.0057	0.1012	-0.2402	-0.0339	0.038	-0.0646	0.2464	-0.0312	-0.0379	0.2551	-0.0073	-0.0187	0.1907	-0.0056	0.2441	-45.1047	83.18	-3.2079
6	3.7186	0.1042	-0.3276	3.2392	-0.7406	2.9605	0.0018	-0.2347	0.4569	0.0984	-0.0113	0.1565	-0.316	-0.0171	0.0317	0.1903	0.0128	-0.0007	0.1921	-0.0512	0.2083	-41.3764	109.482	18.8576
7	5.0354	0.3695	1.4924	6.2045	0.8374	2.6241	-0.0915	0.1948	0.3702	-0.2105	-0.0153	-0.3569	-0.1402	0.2626	0.0612	0.1672	0.0014	0.0063	0.2113	0.0073	0.2156	-28.4893	104.634	18.6721
8	0.6768	-0.1251	0.498	0.4529	0.3567	1.1179	0.0103	0.0209	-0.0172	-0.0709	-0.0121	-0.0005	-0.023	0.0128	-0.0113	0.2211	-0.0054	0.0127	0.1842	0.0107	0.2494	-42.2192	94.2096	4.9978

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 22 through 68 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 69 through 250 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 251 through 330 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 331 through 386 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 23 through 181 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 182 through 276 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 277 through 307 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 308 through 386 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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