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- PDB-5lbx: Structure of the T175V Etr1p mutant in the trigonal form P312 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lbx
タイトルStructure of the T175V Etr1p mutant in the trigonal form P312 in complex with NADP and crotonyl-CoA
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH, B-specific] 1, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / Negative catalysis / enzyme / NADP / mitochondria / mutant / crotonyl-coa / reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-enoyl-CoA reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
: / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily ...: / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CROTONYL COENZYME A / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Candida tropicalis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wagner, T. / Rosenthal, R.G. / Voegeli, B. / Shima, S. / Erb, T.J.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: A conserved threonine prevents self-intoxication of enoyl-thioester reductases.
著者: Rosenthal, R.G. / Vogeli, B. / Wagner, T. / Shima, S. / Erb, T.J.
履歴
登録2016年6月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH, B-specific] 1, mitochondrial
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH, B-specific] 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,61720
ポリマ－84,1742
非ポリマー4,44218
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9140 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area31060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.498, 93.498, 231.203
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-411-

CL

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH, B-specific] 1, mitochondrial / Trans-2-enoyl-CoA reductase 1


分子量: 42087.160 Da / 分子数: 2 / 変異: T175V / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The 20 first residues are not visible in the crystal structure. The sequence corresponds to the fragment 23-386 from the original gene sequence.
由来: (組換発現) Candida tropicalis (酵母) / 遺伝子: ETR1 / プラスミド: pTE264
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8WZM3, EC: 1.3.1.10, trans-2-enoyl-CoA reductase (NADPH)

-
非ポリマー , 5種, 207分子

#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-COO / CROTONYL COENZYME A


分子量: 835.608 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H40N7O17P3S
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.57 %
解説: Crystals are transparent cubic shaped with a volume of approximately 50-100 micron cube
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: Etr1p was crystallized at 15 mg/mL with 5 mM NADP and 5 mM of crotonyl-CoA in the gel filtration buffer (100 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl pH 7.9). Crystals appeared after several days in 2.0 M ...詳細: Etr1p was crystallized at 15 mg/mL with 5 mM NADP and 5 mM of crotonyl-CoA in the gel filtration buffer (100 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl pH 7.9). Crystals appeared after several days in 2.0 M (NH4)2SO4, 100 mM ADA/NaOH pH 6.4 at room temperature. The crystals were soaked in a solution containing 30% (v/v) glycerol, 2.0 M (NH4)2SO4, 100 mM ADA pH 6.4 prior to freezing in liquid nitrogen to prevent water-crystal formation.
PH範囲: 6.2-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.73913 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.73913 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.04 Å / Num. obs: 41476 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 1.511 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4W99

4w99


解像度: 2.5→46.749 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2124 1958 4.73 %
Rwork0.182 --
obs0.1835 41370 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.749 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5596 0 224 189 6009
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075932
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0028096
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2163482
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054915
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071024
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.56250.36281470.34442745X-RAY DIFFRACTION99
2.5625-2.63180.38971570.30542746X-RAY DIFFRACTION100
2.6318-2.70930.29161320.26252784X-RAY DIFFRACTION100
2.7093-2.79670.26541610.23772746X-RAY DIFFRACTION100
2.7967-2.89660.29441190.2292803X-RAY DIFFRACTION100
2.8966-3.01260.22121210.22722810X-RAY DIFFRACTION100
3.0126-3.14970.25841270.22172775X-RAY DIFFRACTION100
3.1497-3.31570.22561230.18522823X-RAY DIFFRACTION100
3.3157-3.52340.21111410.18532811X-RAY DIFFRACTION100
3.5234-3.79530.22121420.17642791X-RAY DIFFRACTION100
3.7953-4.1770.17771400.15292832X-RAY DIFFRACTION100
4.177-4.78090.16321500.13322846X-RAY DIFFRACTION100
4.7809-6.02140.17081500.14412876X-RAY DIFFRACTION100
6.0214-46.75720.19491480.17143024X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.51790.93810.63012.040.23462.0181-0.0020.105-0.3562-0.0390.0361-0.18910.1398-0.0437-0.02840.38150.0097-0.01040.3995-0.01320.4174-15.6321-3.930728.4369
21.9186-0.95720.61122.6075-0.01842.6508-0.1058-0.0811-0.04790.01130.068-0.0025-0.2580.00470.04660.4028-0.02650.00330.3477-0.01750.3633-26.28723.752913.093
30.4905-0.27550.80460.7253-0.65742.5155-0.0165-0.07270.0279-0.00530.06880.0306-0.0165-0.0955-0.080.38470.017-0.0030.3828-0.04250.3952-24.730811.050615.7906
41.7198-1.1823-0.69952.62391.02082.35030.08760.13830.2488-0.338-0.0221-0.1831-0.56490.0495-0.09850.5088-0.0348-0.00730.3204-0.00360.3415-33.936728.8988-35.6323
51.76820.4261-0.02542.127-0.98763.4271-0.0162-0.0099-0.1454-0.03720.037-0.0690.16310.0386-0.02420.3828-0.00080.00760.3635-0.05170.3928-30.6158-0.2081-19.5546
60.2191-0.2850.16520.9348-0.50152.72890.0080.0061-0.06730.0028-0.01290.0365-0.0922-0.00940.00590.4063-0.0446-0.00280.3465-0.04260.4172-33.356912.5164-21.7318
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 22 through 162 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 163 through 276 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 277 through 386 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 22 through 162 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 163 through 276 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 277 through 386 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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