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万見
- PDB-4hm9: Crystal structure of full-length human catenin-beta-like 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hm9
タイトルCrystal structure of full-length human catenin-beta-like 1
要素Beta-catenin-like protein 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / all alpha-helical / armadillo repeats
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic diversification of immunoglobulins / Prp19 complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / adaptive immune response / positive regulation of apoptotic process / centrosome / enzyme binding / nucleoplasm ...somatic diversification of immunoglobulins / Prp19 complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / adaptive immune response / positive regulation of apoptotic process / centrosome / enzyme binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-catenin-like protein 1, N-terminal / Beta-catenin-like protein 1 / Catenin-beta-like, Arm-motif containing nuclear / Eukaryotic domain of unknown function (DUF1716) / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-catenin-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1001 Å
データ登録者Du, Z. / Huang, X. / Wang, G. / Wu, Y.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: The structure of full-length human CTNNBL1 reveals a distinct member of the armadillo-repeat protein family.
著者: Huang, X. / Wang, G. / Wu, Y. / Du, Z.
履歴
登録2012年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月21日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-catenin-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6901
ポリマ－65,6901
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.990, 116.360, 137.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-catenin-like protein 1 / Nuclear-associated protein / NAP / Testis development protein NYD-SP19


分子量: 65689.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C20orf33, CTNNBL1, PP8304 / プラスミド: pET48B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8WYA6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 2000, Tris 8.0, KBr, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-E / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.399→46.145 Å / Num. all: 31661 / Num. obs: 31661 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.238 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.399-2.535.50.0350.23.466199.9
2.53-2.686.60.0350.32.5181100
2.68-2.876.90.0350.41.61100
2.87-3.170.0350.80.9021100
3.1-3.397.10.0351.70.4441100
3.39-3.797.20.0353.30.2221100
3.79-4.387.20.0355.40.1291100
4.38-5.367.10.0356.20.1041100
5.36-7.596.90.0356.70.0981100
7.59-46.1456.30.0359.90.057199.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.8 Å34.35 Å
Translation2.8 Å34.35 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1001→42.618 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.3 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2253 876 5.97 %
Rwork0.1742 --
obs0.1772 14669 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.2381 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1001→42.618 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4117 0 0 0 4117
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024168
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5975600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2341635
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045635
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003737
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1001-3.29420.30621350.22592176X-RAY DIFFRACTION96
3.2942-3.54850.29751440.19882244X-RAY DIFFRACTION98
3.5485-3.90530.22871470.17962258X-RAY DIFFRACTION99
3.9053-4.46990.22571460.16092322X-RAY DIFFRACTION99
4.4699-5.62960.19131490.16532332X-RAY DIFFRACTION100
5.6296-42.62160.1941550.16162461X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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