PDB-1zru: structure of the lactophage p2 receptor binding protein in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zru

タイトル

structure of the lactophage p2 receptor binding protein in complex with glycerol

要素

lactophage p2 receptor binding protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / 3 domains: BETA BARREL / BETA PRISM / BETA BARREL / Structural Genomics / Structural Proteomics in Europe / SPINE

機能・相同性

機能・相同性情報

virus tail, baseplate / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / cell adhesion / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus lactis phage p2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Spinelli, S. / Tremblay, D.M. / Tegoni, M. / Blangy, S. / Huyghe, C. / Desmyter, A. / Labrie, S. / de Haard, H. / Moineau, S. / Cambillau, C. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2006
タイトル: Receptor-binding protein of Lactococcus lactis phages: identification and characterization of the saccharide receptor-binding site.
著者: Tremblay, D.M. / Tegoni, M. / Spinelli, S. / Campanacci, V. / Blangy, S. / Huyghe, C. / Desmyter, A. / Labrie, S. / Moineau, S. / Cambillau, C.

履歴

登録	2005年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zru.cif.gz	180.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zru.ent.gz	142 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zru.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1zru_validation.pdf.gz	451.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1zru_full_validation.pdf.gz	459 KB	表示
XML形式データ	1zru_validation.xml.gz	40.8 KB	表示
CIF形式データ	1zru_validation.cif.gz	63.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/1zru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/1zru	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bsdS 2bse S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2bsd-d 6wni-d 6g60-2 4dsh-d 4dsg-d 7jyy-d 5b70-d 3rfx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (1)

登録構造単位

A: lactophage p2 receptor binding protein

B: lactophage p2 receptor binding protein

C: lactophage p2 receptor binding protein

ヘテロ分子

86.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.106, 92.057, 145.725
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	lactophage p2 receptor binding protein 分子量: 28668.057 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactococcus lactis phage p2 (ウイルス) 生物種: Lactococcus phage 936 sensu lato / 遺伝子: ORF 18 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: Q71AW2
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月20日
放射	モノクロメーター: diamond crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→40.56 Å / Num. all: 111507 / Num. obs: 110279 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / B_iso Wilson estimate: 19.4 Å²
反射シェル	解像度: 1.73→1.77 Å / % possible all: 89.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2BSD

2bsd

解像度: 1.73→40.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 1.541 / SU ML: 0.052 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19689	1106	1 %	RANDOM
R_work	0.17527	-	-	-
obs	0.17547	110279	97.34 %	-
all	-	110279	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.694 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.086 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→40.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5780	0	36	1144	6960

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	5915
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.281	1.933	8039
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.544	5	752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.199	25.059	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.406	15	953
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.623	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	940
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4421
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	2748
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	4052
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	929
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.201	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.154	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.833	1.5	3834
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.356	2	6072
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.189	3	2371
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.341	4.5	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.729→1.774 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	71	-
R_work	0.237	7450	-
obs	-	-	89.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0407	-0.01	0.0556	0.2155	0.11	0.1477	-0.0093	0.0132	0.0057	-0.0221	0.0043	-0.0272	-0.0186	-0.022	0.0049	-0.0177	-0.0004	0.0081	0.0038	-0.0052	-0.0044	16.4043	47.9327	48.4772
2	0.2074	0.148	0.0531	0.1495	0.0709	0.0383	0.0154	-0.0288	-0.0314	-0.0036	-0.0147	-0.0398	0.0214	0.0132	-0.0007	0.0058	-0.0013	0.0019	-0.0118	0.0047	-0.0032	29.4909	36.2642	55.623
3	0.0592	0.0919	0.0564	0.1533	0.1411	0.3205	-0.0112	-0.0139	-0.0168	0.0032	-0.0038	-0.0015	-0.0098	-0.0264	0.015	-0.0184	0.0103	-0.0138	-0.0137	-0.0016	0.0151	13.2389	39.5272	64.9936

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 264	2 - 264
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 264	2 - 264
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	2 - 264	2 - 264

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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