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- PDB-6wni: Crystal structure of CldA, the first cyclomaltodextrin glucanotra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wni
タイトルCrystal structure of CldA, the first cyclomaltodextrin glucanotransferase with a three-domain ABC distribution
要素Cyclomaltodextrin glucanotransferase
キーワードTRANSFERASE / Cyclodextrin / Extremozyme / GH13 family / Starch
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amylase / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-amylase-like / Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta ...Alpha-amylase-like / Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Alpha-amylase
類似検索 - 構成要素
生物種Caldanaerobacter subterraneus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Magana-Cuevas, E. / Centeno-Leija, S. / Serrano-Posada, H.
資金援助 メキシコ, 3件
組織認可番号国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)CB-2018-A1-S-18011 メキシコ
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)CB-2016-01-285001 メキシコ
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)INFR-2017-01-280608 メキシコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery of a novel group of three-domain thermophilic cyclomaltodextrin glucanotransferases: structural and functional implications.
著者: Centeno-Leija, S. / Lopez-Munguia, A. / Cardenas-Conejo, Y. / Mancilla-Margalli, N.A. / Velazquez-Cruz, B. / Magana-Cuevas, E. / Guerra-Borrego, Y. / Zatarain-Palacios, R. / Marin-Tovar, Y. / ...著者: Centeno-Leija, S. / Lopez-Munguia, A. / Cardenas-Conejo, Y. / Mancilla-Margalli, N.A. / Velazquez-Cruz, B. / Magana-Cuevas, E. / Guerra-Borrego, Y. / Zatarain-Palacios, R. / Marin-Tovar, Y. / Gomez-Manzo, S. / Marcial-Quino, J. / Hernandez-Ochoa, B. / Osuna-Castro, J.A. / Rudino-Pinera, E. / Serrano-Posada, H.
履歴
登録2020年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclomaltodextrin glucanotransferase
B: Cyclomaltodextrin glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,20929
ポリマ－122,4082
非ポリマー2,80127
水15,277848
1
A: Cyclomaltodextrin glucanotransferase
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, The macromolecular assembly was determined by SEC-DLS coupled experiments., gel filtration, The macromolecular assembly was determined by SEC-DLS coupled experiments.
  • 62.8 kDa, 1 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,78717
ポリマ－61,2041
非ポリマー1,58316
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cyclomaltodextrin glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,42212
ポリマ－61,2041
非ポリマー1,21811
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.440, 66.440, 209.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Cyclomaltodextrin glucanotransferase


分子量: 61203.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldanaerobacter subterraneus (バクテリア)
遺伝子: O163_00610 / プラスミド: PET-22B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS
参照: UniProt: U5CJP3, cyclomaltodextrin glucanotransferase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION


分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 848 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.1 / 詳細: 0.2 M ammonium citrate dibasic, 20%(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.19499 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.19499 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→28.54 Å / Num. obs: 121677 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.66→1.69 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5577 / CC1/2: 0.674 / % possible all: 92.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1QHO

1qho


解像度: 1.66→28.502 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2119 6062 4.99 %
Rwork0.1884 --
obs0.1895 121556 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.81 Å2 / Biso mean: 24.2611 Å2 / Biso min: 10.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.66→28.502 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7979 0 177 848 9004
Biso mean--32.44 33.54 -
残基数----987
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.66-1.67890.34271670.3038348292
1.6789-1.69860.29061820.2901379396
1.6986-1.71940.27482190.2853381299
1.7194-1.74110.34511580.27653912100
1.7411-1.7640.27872480.2673790100
1.764-1.78820.29332060.2623922100
1.7882-1.81370.28221730.26813830100
1.8137-1.84080.31621920.26363892100
1.8408-1.86950.2582040.2523860100
1.8695-1.90020.31162400.25363849100
1.9002-1.9330.28921780.25873877100
1.933-1.96810.29881780.24413934100
1.9681-2.00590.23891580.24033922100
2.0059-2.04690.26231500.23673872100
2.0469-2.09140.30242300.2293901100
2.0914-2.140.24982080.22323882100
2.14-2.19350.24312610.22173758100
2.1935-2.25280.24352110.21393854100
2.2528-2.3190.2131740.20293911100
2.319-2.39390.21392080.19593884100
2.3939-2.47940.21432550.19753799100
2.4794-2.57860.23491920.19493883100
2.5786-2.69580.21322150.18413858100
2.6958-2.83790.22122240.18813843100
2.8379-3.01550.18422350.17863873100
3.0155-3.2480.19461900.16893849100
3.248-3.57430.17932450.15013849100
3.5743-4.09020.14952000.13363871100
4.0902-5.14830.13081580.1273903100
5.1483-28.5020.16522030.1537382999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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