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Yorodumi- PDB-7jyy: Crystal Structure of SARS-CoV-2 Nsp16/10 Heterodimer in Complex w... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7jyy | |||||||||
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Title | Crystal Structure of SARS-CoV-2 Nsp16/10 Heterodimer in Complex with (m7GpppA)pUpUpApApA (Cap-0) and S-Adenosylmethionine (SAM). | |||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/RNA / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / nsp16 / nsp10 / complex / VIRAL PROTEIN / SAM / cap-0 / VIRAL PROTEIN-RNA complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Lyases; Phosphorus-oxygen lyases / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Lyases; Phosphorus-oxygen lyases / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / snRNP Assembly / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / : / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / DNA helicase / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Cysteine endopeptidases / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / copper ion binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | |||||||||
Authors | Minasov, G. / Shuvalova, L. / Rosas-Lemus, M. / Kiryukhina, O. / Brunzelle, J.S. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
Citation | Journal: Sci.Signal. / Year: 2021 Title: Mn 2+ coordinates Cap-0-RNA to align substrates for efficient 2'- O -methyl transfer by SARS-CoV-2 nsp16. Authors: Minasov, G. / Rosas-Lemus, M. / Shuvalova, L. / Inniss, N.L. / Brunzelle, J.S. / Daczkowski, C.M. / Hoover, P. / Mesecar, A.D. / Satchell, K.J.F. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7jyy.cif.gz | 379.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7jyy.ent.gz | 306.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7jyy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/7jyy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/7jyy | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7l6rC 7l6tC 6w4hS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 33556.426 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: rep, 1a-1b / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): (DE3)magic References: UniProt: P0DTD1, Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases #2: Protein | Mass: 15004.114 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: rep, 1a-1b / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): (DE3)magic / References: UniProt: P0DTD1 |
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-RNA chain , 1 types, 2 molecules EF
#3: RNA chain | Mass: 2324.417 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 |
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-Non-polymers , 7 types, 539 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-CL / | #8: Chemical | ChemComp-FMT / #9: Chemical | ChemComp-ZN / #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.1 Å3/Da / Density % sol: 70 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: Protein: 5.3 mg/ml (nsp10/nsp16 1:1), 0.15M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 7.5 , 2mM SAM, 1mM TCEP, 5% Glycerol; Screen: ComPAS (G5), 0.1M Sodium citrate pH 5.6, 1.0M Ammonium dihydrogen ...Details: Protein: 5.3 mg/ml (nsp10/nsp16 1:1), 0.15M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 7.5 , 2mM SAM, 1mM TCEP, 5% Glycerol; Screen: ComPAS (G5), 0.1M Sodium citrate pH 5.6, 1.0M Ammonium dihydrogen phosphate; Soak: 1.5 hours, 0.2mM [M7Gppp]rArUrUrArArA, 5mM SAM, 5mM Manganese chloride; Cryo: 4M Sodium formate. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 31, 2020 / Details: BE |
Radiation | Monochromator: DIAMOND (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→30 Å / Num. obs: 99216 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 35.8 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.089 / Rsym value: 0.083 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 24.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.09 Å / Redundancy: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 1.079 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4938 / CC1/2: 0.765 / Rpim(I) all: 0.415 / Rrim(I) all: 1.156 / Rsym value: 1.079 / Χ2: 1 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6w4h Resolution: 2.05→29.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 6.594 / SU ML: 0.087 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.109 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 140.23 Å2 / Biso mean: 47.34 Å2 / Biso min: 21.99 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.05→29.97 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.05→2.103 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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