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Yorodumi- PDB-6w75: 1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of NSP10 - NSP16 Compl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6w75 | ||||||
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Title | 1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of NSP10 - NSP16 Complex from SARS-CoV-2 | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / nsp16 / nsp10 / complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Lyases; Phosphorus-oxygen lyases / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Lyases; Phosphorus-oxygen lyases / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / snRNP Assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / : / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / DNA helicase / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Cysteine endopeptidases / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / copper ion binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.951 Å | ||||||
Authors | Minasov, G. / Shuvalova, L. / Rosas-Lemus, M. / Kiryukhina, O. / Wiersum, G. / Godzik, A. / Jaroszewski, L. / Stogios, P.J. / Skarina, T. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: Sci.Signal. / Year: 2020 Title: High-resolution structures of the SARS-CoV-2 2'- O -methyltransferase reveal strategies for structure-based inhibitor design. Authors: Rosas-Lemus, M. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Inniss, N.L. / Kiryukhina, O. / Brunzelle, J. / Satchell, K.J.F. #1: Journal: Biorxiv / Year: 2020 Title: The crystal structure of nsp10-nsp16 heterodimer from SARS-CoV-2 in complex with S-adenosylmethionine. Authors: Rosas-Lemus, M. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Inniss, N.L. / Kiryukhina, O. / Wiersum, G. / Kim, Y. / Jedrzejczak, R. / Maltseva, N.I. / Endres, M. / Jaroszewski, L. / Godzik, A. / ...Authors: Rosas-Lemus, M. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Inniss, N.L. / Kiryukhina, O. / Wiersum, G. / Kim, Y. / Jedrzejczak, R. / Maltseva, N.I. / Endres, M. / Jaroszewski, L. / Godzik, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6w75.cif.gz | 350.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6w75.ent.gz | 276.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6w75.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/6w75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/6w75 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6w4hSC 6wjtC 6wkqC 6wq3C 6wrzC 6wvnC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: 10.18430/m36w75 / Data set type: diffraction image data |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 33627.504 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 6799-7096 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: rep, 1a-1b / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): magic References: UniProt: P0DTD1, Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases #2: Protein | Mass: 15075.190 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 4254-4392 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: rep, 1a-1b / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): magic / References: UniProt: P0DTD1 |
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-Non-polymers , 5 types, 778 molecules
#3: Chemical | ChemComp-NA / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-FMT / #6: Chemical | ChemComp-ZN / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.87 Å3/Da / Density % sol: 68.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.3 Details: 9.7 mg/mL 1:1 nsp10/nsp16 in 0.5 M sodium chloride, 0.01 M Tris, pH 7.5, 2 mM SAM, 1 mM TCEP, 5% glycerol against ComPAS screen F10 (0.4 M potassium/sodium tartrate), cryoprotectant: 4 M sodium formate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 7, 2020 / Details: Be |
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→30 Å / Num. obs: 113483 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.083 / Rsym value: 0.077 / Χ2: 1.025 / Net I/σ(I): 25.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→1.98 Å / Redundancy: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.742 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 5592 / CC1/2: 0.88 / CC star: 0.968 / Rpim(I) all: 0.285 / Rrim(I) all: 0.795 / Rsym value: 0.742 / Χ2: 1.001 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 6W4H Resolution: 1.951→29.925 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 4.427 / SU ML: 0.065 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.092 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.856 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.951→29.925 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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