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- PDB-4ic7: Crystal structure of the ERK5 kinase domain in complex with an MK... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ic7
タイトルCrystal structure of the ERK5 kinase domain in complex with an MKK5 binding fragment
要素
  • Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 5
  • Mitogen-activated protein kinase 7
キーワードTRANSFERASE / kinase domain / SIGNALING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ERK5 cascade / negative regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / Signalling to ERK5 / negative regulation of response to cytokine stimulus / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / calcineurin-NFAT signaling cascade / JUN kinase kinase activity / mitogen-activated protein kinase kinase / cellular response to laminar fluid shear stress / negative regulation of interleukin-8 production ...ERK5 cascade / negative regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / Signalling to ERK5 / negative regulation of response to cytokine stimulus / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / calcineurin-NFAT signaling cascade / JUN kinase kinase activity / mitogen-activated protein kinase kinase / cellular response to laminar fluid shear stress / negative regulation of interleukin-8 production / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / ERKs are inactivated / mitogen-activated protein kinase binding / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / ERK/MAPK targets / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / MAP kinase kinase activity / enzyme inhibitor activity / positive regulation of protein metabolic process / RET signaling / MAP kinase activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / regulation of angiogenesis / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of epithelial cell proliferation / cellular response to growth factor stimulus / PML body / spindle / negative regulation of inflammatory response / cellular response to hydrogen peroxide / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / MAPK cascade / heart development / positive regulation of cell growth / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / protein tyrosine kinase activity / cell differentiation / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 5, PB1 domain / : / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : ...Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 5, PB1 domain / : / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 5 / Mitogen-activated protein kinase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gogl, G. / Remenyi, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural mechanism for the specific assembly and activation of the extracellular signal regulated kinase 5 (ERK5) module.
著者: Glatz, G. / Gogl, G. / Alexa, A. / Remenyi, A.
履歴
登録2012年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 7
D: Mitogen-activated protein kinase 7
E: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 5
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,9946
ポリマ－127,9824
非ポリマー1,0122
水1,49583
1
A: Mitogen-activated protein kinase 7
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4973
ポリマ－63,9912
非ポリマー5061
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area22500 Å2
手法PISA
2
D: Mitogen-activated protein kinase 7
E: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4973
ポリマ－63,9912
非ポリマー5061
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area21860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.370, 69.370, 271.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 7 / MAP kinase 7 / MAPK 7 / Big MAP kinase 1 / BMK-1 / Extracellular signal-regulated kinase 5 / ERK-5


分子量: 49802.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK7, BMK1, ERK5, PRKM7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13164, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 5 / MAP kinase kinase 5 / MAPKK 5 / MAPK/ERK kinase 5 / MEK 5


分子量: 14187.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K5, MEK5, MKK5, PRKMK5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q13163, mitogen-activated protein kinase kinase
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.76 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 48% PEG 200, 100mM MIB, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月31日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48.27 Å / Num. all: 39260 / Num. obs: 39147 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2.4 / Observed criterion σ(I): 2.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 4.5 % / % possible all: 98.62

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→48.269 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 1955 5.01 %
Rwork0.2106 --
obs0.213 39029 99.62 %
all-39260 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.269 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7249 0 62 83 7394
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087486
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.58410209
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9982763
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1171148
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111327
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.6650.40011350.31242624X-RAY DIFFRACTION98
2.665-2.73710.33221380.29922622X-RAY DIFFRACTION99
2.7371-2.81760.37581460.28682631X-RAY DIFFRACTION99
2.8176-2.90850.36481480.28112615X-RAY DIFFRACTION100
2.9085-3.01250.33241530.26912658X-RAY DIFFRACTION100
3.0125-3.13310.3631360.2632636X-RAY DIFFRACTION100
3.1331-3.27560.30121200.26922691X-RAY DIFFRACTION100
3.2756-3.44830.25761280.23572659X-RAY DIFFRACTION100
3.4483-3.66420.28381340.2212670X-RAY DIFFRACTION100
3.6642-3.9470.26031450.2112622X-RAY DIFFRACTION100
3.947-4.3440.24751570.18512665X-RAY DIFFRACTION100
4.344-4.97210.19131370.16992653X-RAY DIFFRACTION100
4.9721-6.26210.251350.19952661X-RAY DIFFRACTION100
6.2621-48.27730.20221430.17132667X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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