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- PDB-1zos: Structure of 5'-methylthionadenosine/S-Adenosylhomocysteine nucle... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zos
タイトルStructure of 5'-methylthionadenosine/S-Adenosylhomocysteine nucleosidase from S. pneumoniae with a transition-state inhibitor MT-ImmA
要素5'-methylthioadenosine / S-adenosylhomocysteine nucleosidase
キーワードHYDROLASE / nucleosidase / pneumoniae / transition state / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from methylthioadenosine / cytosol
類似検索 - 分子機能
MTA/SAH nucleosidase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MTM / adenosylhomocysteine nucleosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Shi, W. / Singh, V. / Zhen, R. / Tyler, P.C. / Furneaux, R.H. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Structure and inhibition of a quorum sensing target from Streptococcus pneumoniae.
著者: Singh, V. / Shi, W. / Almo, S.C. / Evans, G.B. / Furneaux, R.H. / Tyler, P.C. / Painter, G.F. / Lenz, D.H. / Mee, S. / Zheng, R. / Schramm, V.L.
履歴
登録2005年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-methylthioadenosine / S-adenosylhomocysteine nucleosidase
B: 5'-methylthioadenosine / S-adenosylhomocysteine nucleosidase
C: 5'-methylthioadenosine / S-adenosylhomocysteine nucleosidase
D: 5'-methylthioadenosine / S-adenosylhomocysteine nucleosidase
E: 5'-methylthioadenosine / S-adenosylhomocysteine nucleosidase
F: 5'-methylthioadenosine / S-adenosylhomocysteine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,98412
ポリマ－148,2006
非ポリマー1,7846
水10,665592
1
A: 5'-methylthioadenosine / S-adenosylhomocysteine nucleosidase
B: 5'-methylthioadenosine / S-adenosylhomocysteine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9954
ポリマ－49,4002
非ポリマー5952
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area16660 Å2
手法PISA
2
C: 5'-methylthioadenosine / S-adenosylhomocysteine nucleosidase
D: 5'-methylthioadenosine / S-adenosylhomocysteine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9954
ポリマ－49,4002
非ポリマー5952
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area16790 Å2
手法PISA
3
E: 5'-methylthioadenosine / S-adenosylhomocysteine nucleosidase
F: 5'-methylthioadenosine / S-adenosylhomocysteine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9954
ポリマ－49,4002
非ポリマー5952
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area16730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.571, 138.958, 84.755
Angle α, β, γ (deg.)90, 117.921, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is dimer (A/B, C/D, E/F)

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要素

#1: タンパク質
5'-methylthioadenosine / S-adenosylhomocysteine nucleosidase


分子量: 24699.943 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
生物種: Streptococcus pneumoniae / 株: ATCC BAA-255 / R6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DQ16, methylthioadenosine nucleosidase
#2: 化合物
ChemComp-MTM / (3S,4R)-2-(4-AMINO-5H-PYRROLO[3,2-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-[(METHYLSULFANYL)METHYL]PYRROLIDINE-3,4-DIOL / (1S)-1-(9-DEAZAADENIN-9-YL)-1,4,5-TRIDEOXY-1,4-IMINO-5-METHYLTHIO-D-RIBITOL


分子量: 297.377 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N5O2S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: MPD, CaCl2, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月15日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 193063 / Num. obs: 193063 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 16927 / Rsym value: 0.253 / % possible all: 78.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JYS

1jys


解像度: 1.6→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 13699 -random
Rwork0.193 ---
obs-184285 85.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.31 Å20 Å2-1.28 Å2
2--3.43 Å20 Å2
3----2.12 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10410 0 120 592 11122
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.65
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.006
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 1839 -
Rwork0.226 --
obs-23234 69.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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