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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zos | ||||||
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タイトル | Structure of 5'-methylthionadenosine/S-Adenosylhomocysteine nucleosidase from S. pneumoniae with a transition-state inhibitor MT-ImmA | ||||||
要素 | 5'-methylthioadenosine / S-adenosylhomocysteine nucleosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / nucleosidase / pneumoniae / transition state / inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Shi, W. / Singh, V. / Zhen, R. / Tyler, P.C. / Furneaux, R.H. / Almo, S.C. / Schramm, V.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006 タイトル: Structure and inhibition of a quorum sensing target from Streptococcus pneumoniae. 著者: Singh, V. / Shi, W. / Almo, S.C. / Evans, G.B. / Furneaux, R.H. / Tyler, P.C. / Painter, G.F. / Lenz, D.H. / Mee, S. / Zheng, R. / Schramm, V.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zos.cif.gz | 276.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zos.ent.gz | 222.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zos.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1zos_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1zos_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1zos_validation.xml.gz | 55.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1zos_validation.cif.gz | 76 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/1zos ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/1zos | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1jysS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is dimer (A/B, C/D, E/F) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24699.943 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌) 生物種: Streptococcus pneumoniae / 株: ATCC BAA-255 / R6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DQ16, methylthioadenosine nucleosidase #2: 化合物 | ChemComp-MTM / ( #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: MPD, CaCl2, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月15日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 193063 / Num. obs: 193063 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 16927 / Rsym value: 0.253 / % possible all: 78.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1JYS 解像度: 1.6→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.006
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