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万見
- PDB-1zoq: IRF3-CBP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zoq
タイトルIRF3-CBP complex
要素
  • CREB-binding protein
  • Interferon regulatory factor 3
キーワードtranscription/transferase / transcription regulation / transferase / transcription-transferase COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


IRF3 mediated activation of type 1 IFN / MDA-5 signaling pathway / macrophage apoptotic process / programmed necrotic cell death / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / histone H3K18 acetyltransferase activity ...IRF3 mediated activation of type 1 IFN / MDA-5 signaling pathway / macrophage apoptotic process / programmed necrotic cell death / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / histone H3K18 acetyltransferase activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / MRF binding / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / cGAS/STING signaling pathway / mRNA transcription / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / RUNX3 regulates NOTCH signaling / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of NFE2L2 gene expression / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / signal transduction involved in regulation of gene expression / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / TRAF6 mediated IRF7 activation / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / embryonic digit morphogenesis / toll-like receptor 4 signaling pathway / protein-lysine-acetyltransferase activity / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / protein acetylation / type I interferon-mediated signaling pathway / DNA-binding transcription activator activity / homeostatic process / Notch-HLH transcription pathway / cellular response to exogenous dsRNA / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / acetyltransferase activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Zygotic genome activation (ZGA) / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / positive regulation of interferon-alpha production / histone acetyltransferase complex / positive regulation of type I interferon production / canonical NF-kappaB signal transduction / Attenuation phase / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / cellular response to nutrient levels / histone acetyltransferase activity / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / histone acetyltransferase / regulation of cellular response to heat / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / immune system process / : / NPAS4 regulates expression of target genes / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / antiviral innate immune response / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / CD209 (DC-SIGN) signaling / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / SUMOylation of transcription cofactors / positive regulation of interferon-beta production / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / Evasion by RSV of host interferon responses / promoter-specific chromatin binding / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / ISG15 antiviral mechanism / chromatin DNA binding / Heme signaling / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / protein destabilization / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / cellular response to virus / tau protein binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of protein localization to nucleus
類似検索 - 分子機能
Creb-binding Protein; Chain: A / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain / Tumour Suppressor Smad4 - #10 / Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor ...Creb-binding Protein; Chain: A / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain / Tumour Suppressor Smad4 - #10 / Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / SMAD-like domain superfamily / Tumour Suppressor Smad4 / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / SMAD/FHA domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon regulatory factor 3 / CREB-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Qin, B. / Lin, K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of IRF-3 in complex with CBP.
著者: Qin, B.Y. / Liu, C. / Srinath, H. / Lam, S.S. / Correia, J.J. / Derynck, R. / Lin, K.
履歴
登録2005年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon regulatory factor 3
C: CREB-binding protein
B: Interferon regulatory factor 3
D: CREB-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8484
ポリマ－52,8484
非ポリマー00
水7,530418
1
A: Interferon regulatory factor 3
C: CREB-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4242
ポリマ－26,4242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12530 Å2
手法PISA
2
B: Interferon regulatory factor 3
D: CREB-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4242
ポリマ－26,4242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.694, 81.694, 242.096
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Interferon regulatory factor 3 / IRF-3


分子量: 21150.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRF3 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14653
#2: タンパク質・ペプチド CREB-binding protein


分子量: 5274.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CREBBP, CBP / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92793, histone acetyltransferase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.15 M Mg acetate, 5% (v/v) PEG 4000, 50 mM Na HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.36→28.7 Å / Num. all: 35821 / Num. obs: 31570

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.37→28.7 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The distance between the C-N atoms in residues (B GLU 232 ) and (B VAL 233 ) is 4.75.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.226 1108 0.214
Rwork0.214 --
all0.214 36950 -
obs0.214 31386 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→28.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3720 0 0 418 4138

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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