+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1r94 | ||||||
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Title | Crystal Structure of IscA (MERCURY DERIVATIVE) | ||||||
Components | Protein yfhF | ||||||
Keywords | METAL TRANSPORT / TETRAMERIC / BETA BARREL / IRON-SULFUR CLUSTER PROTEIN / PSEUDO-SYMMETRIC MOTIFS | ||||||
Function / homology | Function and homology information iron-sulfur cluster transfer complex / protein maturation by iron-sulfur cluster transfer / iron chaperone activity / iron-sulfur cluster assembly / ferrous iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SIR / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Bilder, P.W. / Ding, H. / Newcomer, M.E. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2004 Title: Crystal structure of the ancient, Fe-S scaffold IscA reveals a novel protein fold. Authors: Bilder, P.W. / Ding, H. / Newcomer, M.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1r94.cif.gz | 50.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1r94.ent.gz | 37.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1r94.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/1r94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/1r94 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 97 / Label seq-ID: 1 - 97
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Details | The biological assembly comprises two possible tetramers (A,B). tetramer A is generated from either monomer in asymmetric unit using the following symmetry operators: -x,-y, z and -y,x-y,z+2/3 and y,-x+y,z+2/3. Tetramer B is generated from the dimer in the asymmetric unit and the symmetry operator -x,-y,z. |
-Components
#1: Protein | Mass: 12843.438 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: YFHF, B2528, C3053, Z3795, ECS3394, SF2575, S2747 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0AAC8 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.27 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 298 K / pH: 8 Details: dibasic ammonium phosphate, imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS pH: 8 / Method: vapor diffusion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: ENRAF-NONIUS FR591 / Wavelength: 1.5418 |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: IMAGE PLATE |
Radiation | Monochromator: OSMIC MIRRORS / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→500 Å / Num. obs: 12243 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 44.2 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 38 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.4 Å / Redundancy: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Rsym value: 0.457 / % possible all: 99.1 |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 2.3 Å / Lowest resolution: 9999 Å / Num. measured all: 67990 / Rmerge(I) obs: 0.063 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 99.1 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SIR / Resolution: 2.3→27.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 7.381 / SU ML: 0.172 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.308 / ESU R Free: 0.234 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.78 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→27.22 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 736 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement | *PLUS Highest resolution: 2.3 Å / Lowest resolution: 27 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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