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- PDB-1r94: Crystal Structure of IscA (MERCURY DERIVATIVE) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r94
タイトルCrystal Structure of IscA (MERCURY DERIVATIVE)
要素Protein yfhF
キーワードMETAL TRANSPORT / TETRAMERIC / BETA BARREL / IRON-SULFUR CLUSTER PROTEIN / PSEUDO-SYMMETRIC MOTIFS
機能・相同性
機能・相同性情報


iron-sulfur cluster transfer complex / : / iron chaperone activity / iron-sulfur cluster assembly / ferrous iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Iron-binding protein IscA, proteobacteria / : / FeS cluster insertion, C-terminal, conserved site / Hypothetical hesB/yadR/yfhF family signature. / FeS cluster insertion protein / Hypothetical Protein Aq_1857; Chain: A; / HesB-like domain / FeS cluster biogenesis / HesB-like domain superfamily / Iron-sulphur cluster biosynthesis ...Iron-binding protein IscA, proteobacteria / : / FeS cluster insertion, C-terminal, conserved site / Hypothetical hesB/yadR/yfhF family signature. / FeS cluster insertion protein / Hypothetical Protein Aq_1857; Chain: A; / HesB-like domain / FeS cluster biogenesis / HesB-like domain superfamily / Iron-sulphur cluster biosynthesis / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Iron-binding protein IscA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 単一同系置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bilder, P.W. / Ding, H. / Newcomer, M.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the ancient, Fe-S scaffold IscA reveals a novel protein fold.
著者: Bilder, P.W. / Ding, H. / Newcomer, M.E.
履歴
登録2003年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein yfhF
B: Protein yfhF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0884
ポリマ－25,6872
非ポリマー4012
水1,53185
1
A: Protein yfhF
B: Protein yfhF
ヘテロ分子

A: Protein yfhF
B: Protein yfhF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1768
ポリマ－51,3744
非ポリマー8024
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_775-x+2,-y+2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.337, 55.337, 159.835
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 97 / Label seq-ID: 1 - 97

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細The biological assembly comprises two possible tetramers (A,B). tetramer A is generated from either monomer in asymmetric unit using the following symmetry operators: -x,-y, z and -y,x-y,z+2/3 and y,-x+y,z+2/3. Tetramer B is generated from the dimer in the asymmetric unit and the symmetry operator -x,-y,z.

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要素

#1: タンパク質 Protein yfhF


分子量: 12843.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: YFHF, B2528, C3053, Z3795, ECS3394, SF2575, S2747
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AAC8
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.27 %
結晶化温度: 298 K / pH: 8
詳細: dibasic ammonium phosphate, imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.00
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
117 mg/mlprotein1drop
21.1 mMferrous ammonium sulfate1drop
32 mMdithiothreitol1drop
40.8-1.0 Mdibasic ammonium phosphate1reservoir
50.1 Mimidazole1reservoirpH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→500 Å / Num. obs: 12243 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 44.2 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 38
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Rsym value: 0.457 / % possible all: 99.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. measured all: 67990 / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.1 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 3.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 2.3→27.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 7.381 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.308 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 580 5 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.231 11110 95.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å2-0.06 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→27.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1470 0 2 85 1557
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221492
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5141.9682010
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5155192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021128
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2556
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.282
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2490.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9191.5952
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.75621524
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3063540
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.014.5486
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 736 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1tight positional0.020.05
2tight thermal0.060.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.391 32
Rwork0.304 696
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 27 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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