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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1r95 | ||||||
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Title | Crystal Structure of IscA (native) | ||||||
![]() | Protein yfhF | ||||||
![]() | METAL TRANSPORT / TETRAMERIC / BETA BARREL / IRON-SULFUR CLUSTER PROTEIN / PSEUDO-ASYMMETRIC MOTIFS | ||||||
Function / homology | ![]() iron-sulfur cluster transfer complex / protein maturation by iron-sulfur cluster transfer / iron chaperone activity / iron-sulfur cluster assembly / ferrous iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bilder, P.W. / Ding, H. / Newcomer, M.E. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of the ancient, Fe-S scaffold IscA reveals a novel protein fold. Authors: Bilder, P.W. / Ding, H. / Newcomer, M.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 49.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 36.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 382.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 386.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 5.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 8.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 97 / Label seq-ID: 1 - 97
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Details | The biological assembly comprises two possible tetramers (A,B). tetramer A is generated from either monomer in asymmetric unit using the following symmetry operators: -x,-y, z and -y,x-y,z+2/3 and y,-x+y,z+2/3. Tetramer B is generated from the dimer in the asymmetric unit and the symmetry operator -x,-y,z. |
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Components
#1: Protein | Mass: 12843.438 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.35 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 298 K / pH: 8 Details: dibasic ammonium phosphate, imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS pH: 8 / Method: vapor diffusion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jan 31, 2003 |
Radiation | Monochromator: OSMIC MIRRORS / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.65→500 Å / Num. obs: 8034 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 56.6 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 58 |
Reflection shell | Resolution: 2.65→2.75 Å / Redundancy: 9.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Rsym value: 0.479 / % possible all: 100 |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 2.65 Å / Lowest resolution: 9999 Å / Num. measured all: 77724 / Rmerge(I) obs: 0.066 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.479 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.96 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.65→27.32 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 735 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.65→2.72 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement | *PLUS Highest resolution: 2.6 Å / Lowest resolution: 27 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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