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Yorodumi- PDB-3wof: Crystal structure of P23-45 gp39 (6-132) bound to Thermus thermop... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3wof | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of P23-45 gp39 (6-132) bound to Thermus thermophilus RNA polymerase beta-flap domain | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | TRANSFERASE/TRANSCRIPTION / Transcription / RNA polymerase / TRANSFERASE-TRANSCRIPTION complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationDNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Thermus thermophilus (bacteria)![]() Thermus phage P23-45 (virus) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.298 Å | ||||||
Authors | Tagami, S. / Sekine, S. / Minakhin, L. / Esyunina, D. / Akasaka, R. / Shirouzu, M. / Kulbachinskiy, A. / Severinov, K. / Yokoyama, S. | ||||||
Citation | Journal: Genes Dev. / Year: 2014Title: Structural basis for promoter specificity switching of RNA polymerase by a phage factor. Authors: Tagami, S. / Sekine, S. / Minakhin, L. / Esyunina, D. / Akasaka, R. / Shirouzu, M. / Kulbachinskiy, A. / Severinov, K. / Yokoyama, S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3wof.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3wof.ent.gz | 917.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3wof.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3wof_validation.pdf.gz | 617.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3wof_full_validation.pdf.gz | 698.3 KB | Display | |
| Data in XML | 3wof_validation.xml.gz | 99.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 3wof_validation.cif.gz | 126.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/3wof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/3wof | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3wodC ![]() 3woeSC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 14481.525 Da / Num. of mol.: 12 / Fragment: beta-flap domain, UNP RESIDUES 703-830 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Thermus thermophilus (bacteria) / Strain: HB8 / Gene: rpoB, TTHA1813 / Plasmid: pGEX-6P / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 14854.996 Da / Num. of mol.: 12 / Fragment: UNP RESIDUES 6-132 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Thermus phage P23-45 (virus) / Strain: Thermus phage P23-45 / Gene: gp39 (P23p39), P23p39 / Plasmid: pET-47b / Production host: ![]() |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.81 Å3/Da / Density % sol: 67.69 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / pH: 5.6 Details: 50mM MES-NaOH (pH 5.6), 6% PEG 8000, 200mM KCl, 10mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NE3A / Wavelength: 1 |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Feb 11, 2012 |
| Radiation | Monochromator: NUMERICAL LINK TYPE SI(111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR, LIQUID NITROGEN COOLING Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.298→50 Å / Num. obs: 82014 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 5.2 / Redundancy: 10.6 % / Rsym value: 0.175 / Net I/σ(I): 14.2 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3WOE Resolution: 3.298→34.549 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.41 / Phase error: 23.05 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.298→34.549 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
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Thermus thermophilus (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Citation











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