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- PDB-3wof: Crystal structure of P23-45 gp39 (6-132) bound to Thermus thermop... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3wof | ||||||
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Title | Crystal structure of P23-45 gp39 (6-132) bound to Thermus thermophilus RNA polymerase beta-flap domain | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE/TRANSCRIPTION / Transcription / RNA polymerase / TRANSFERASE-TRANSCRIPTION complex | ||||||
Function / homology | ![]() DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tagami, S. / Sekine, S. / Minakhin, L. / Esyunina, D. / Akasaka, R. / Shirouzu, M. / Kulbachinskiy, A. / Severinov, K. / Yokoyama, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for promoter specificity switching of RNA polymerase by a phage factor. Authors: Tagami, S. / Sekine, S. / Minakhin, L. / Esyunina, D. / Akasaka, R. / Shirouzu, M. / Kulbachinskiy, A. / Severinov, K. / Yokoyama, S. | ||||||
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 617.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 698.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 99.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 126.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3wodC ![]() 3woeSC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 14481.525 Da / Num. of mol.: 12 / Fragment: beta-flap domain, UNP RESIDUES 703-830 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 14854.996 Da / Num. of mol.: 12 / Fragment: UNP RESIDUES 6-132 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.81 Å3/Da / Density % sol: 67.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / pH: 5.6 Details: 50mM MES-NaOH (pH 5.6), 6% PEG 8000, 200mM KCl, 10mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Feb 11, 2012 |
Radiation | Monochromator: NUMERICAL LINK TYPE SI(111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR, LIQUID NITROGEN COOLING Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.298→50 Å / Num. obs: 82014 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 5.2 / Redundancy: 10.6 % / Rsym value: 0.175 / Net I/σ(I): 14.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3WOE Resolution: 3.298→34.549 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.41 / Phase error: 23.05 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.298→34.549 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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