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- PDB-4lnx: Crystal structure of TR-alpha bound to T4 in a second site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lnx
タイトルCrystal structure of TR-alpha bound to T4 in a second site
要素Thyroid hormone receptor alpha
キーワードTRANSCRIPTION / Mainly Alpha Orthogonal Bundle / Transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of DNA-templated transcription initiation / negative regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / female courtship behavior / regulation of lipid catabolic process / thyroid hormone binding / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity ...regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of DNA-templated transcription initiation / negative regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / female courtship behavior / regulation of lipid catabolic process / thyroid hormone binding / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / cartilage condensation / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / thyroid gland development / general transcription initiation factor binding / retinoic acid receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / ossification / response to cold / TBP-class protein binding / erythrocyte differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / chromatin DNA binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / learning or memory / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thyroid hormone receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Thyroid hormone receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3,5,3'TRIIODOTHYRONINE / 3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE / Thyroid hormone receptor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Puhl, A.C. / Aparicio, R. / Polikarpov, I.
引用ジャーナル: Mol.Endocrinol. / 年: 2014
タイトル: Identification of a new hormone-binding site on the surface of thyroid hormone receptor.
著者: Souza, P.C. / Puhl, A.C. / Martinez, L. / Aparicio, R. / Nascimento, A.S. / Figueira, A.C. / Nguyen, P. / Webb, P. / Skaf, M.S. / Polikarpov, I.
履歴
登録2013年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thyroid hormone receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2063
ポリマ－30,7781
非ポリマー1,4282
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.744, 80.924, 101.871
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Thyroid hormone receptor alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group A member 1 / V-erbA-related protein 7 / EAR-7 / c-erbA-1 / c-erbA-alpha


分子量: 30777.945 Da / 分子数: 1
断片: UNP P10827 residues 148-370, UNP Q6LDR0 residues 36-75
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THRA, EAR7, ERBA1, NR1A1, THRA1, THRA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10827
#2: 化合物 ChemComp-T44 / 3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE / チロキシン


分子量: 776.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H11I4NO4 / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物 ChemComp-T3 / 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE / T3 / THYROID HORMONE / LIOTHYRONINE / トリヨ-ドチロニン


分子量: 650.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12I3NO4 / コメント: ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE IN THIS ENTRY CORRESPONDS TO P10827-2, ISOFORM ALPHA-1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 1.0 M sodium cacodylate and 0.1 M sodium acetate threehydrate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年3月19日
放射モノクロメーター: OSMIC / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→63.365 Å / Num. all: 31323 / Num. obs: 31309 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 14.6 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 31.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.05-2.1614.90.37520.375197.6
2.16-2.29150.2612.90.261198.1
2.29-2.45150.1834.20.183198.5
2.45-2.6514.90.12560.125198.9
2.65-2.914.90.0957.80.095199.2
2.9-3.2414.80.06910.40.069199.5
3.24-3.7414.60.05130.05199.8
3.74-4.5814.20.04214.70.042199.9
4.58-6.4813.40.03915.60.0391100
6.48-101.87112.20.036150.036199.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALA3.1.9データスケーリング
AMoRE位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→37.6 Å / Occupancy max: 1.5 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.177 1573 5.03 %
Rwork0.155 --
obs0.157 31249 98.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→37.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2079 0 47 267 2393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012309
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3753153
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2936
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005403
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.11620.24681420.17982584X-RAY DIFFRACTION97
2.1162-2.19180.17351440.15582647X-RAY DIFFRACTION98
2.1918-2.27950.1691270.15542642X-RAY DIFFRACTION98
2.2795-2.38330.1951310.14982668X-RAY DIFFRACTION98
2.3833-2.50890.19841400.15052654X-RAY DIFFRACTION98
2.5089-2.6660.19131280.15842672X-RAY DIFFRACTION99
2.666-2.87180.18771380.16352718X-RAY DIFFRACTION99
2.8718-3.16070.18651550.16462700X-RAY DIFFRACTION99
3.1607-3.61770.19831570.14882723X-RAY DIFFRACTION99
3.6177-4.55670.13981670.13322760X-RAY DIFFRACTION100
4.5567-37.6040.17181440.17122908X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.67047.26-7.72427.1359-6.79777.3714-0.73640.3431-0.2418-0.04130.19680.35281.2738-0.66510.36340.410.00690.15410.3171-0.05750.366614.43413.72350.9385
22.19923.6846-1.58698.7911-4.65863.56140.1026-0.45360.09310.3765-0.2313-0.1307-0.07340.04170.10070.1477-0.00540.040.3143-0.01020.102424.085221.871351.0124
31.6355-0.0539-0.22182.7507-1.75442.63020.13410.09710.2850.07220.31530.5167-0.4098-0.532-0.37840.20450.03750.02330.23480.0420.274124.952942.648431.4139
47.6561-0.54364.02991.7117-1.09784.6842-0.27620.04590.39430.0518-0.0284-0.0913-0.29920.10470.27450.13-0.0068-0.01040.1317-0.00490.091634.93629.666241.3245
52.07240.29880.40854.8598-1.28540.9851-0.00190.40940.2766-0.14280.21150.6171-0.1414-0.4458-0.16530.16890.0239-0.04020.3230.08120.247418.540434.992726.6021
63.24281.19820.50572.4701-0.09442.5109-0.02360.1131-0.25560.04590.0042-0.05940.0914-0.00080.02750.14670.02420.02750.1384-0.01650.070728.78218.348540.8046
76.31828.7143-4.71488.957-5.43872.3881-0.25960.1284-0.3786-0.2451-0.0198-0.59660.1501-0.05230.13340.18920.02140.0170.22550.00720.271431.201928.068726.9293
87.26940.70441.13994.4019-5.36277.96620.13070.1192-0.21560.2474-0.6796-1.3166-0.31590.85240.55180.2427-0.0404-0.030.26790.06670.256439.273143.912432.1266
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 145 through 161 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 162 through 178 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 179 through 235 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 236 through 266 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 267 through 309 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 310 through 362 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 363 through 391 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 393 through 407 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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