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- PDB-1zkc: Crystal Structure of the cyclophiln_RING domain of human peptidyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zkc
タイトルCrystal Structure of the cyclophiln_RING domain of human peptidylprolyl isomerase (cyclophilin)-like 2 isoform b
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase like 2
キーワードISOMERASE / CIS-TRANS ISOMERIZATION / peptidylprolyl isomerase / protein-folding / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


Basigin interactions / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / protein localization to plasma membrane / RING-type E3 ubiquitin transferase / Golgi lumen / mRNA processing / protein polyubiquitination ...Basigin interactions / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / protein localization to plasma membrane / RING-type E3 ubiquitin transferase / Golgi lumen / mRNA processing / protein polyubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / protein folding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase like 2, U-box domain / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. ...Single helix bin / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase like 2, U-box domain / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Beta Barrel / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Walker, J.R. / Davis, T. / Newman, E.M. / Mackenzie, F. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural and biochemical characterization of the human cyclophilin family of peptidyl-prolyl isomerases.
著者: Davis, T.L. / Walker, J.R. / Campagna-Slater, V. / Finerty, P.J. / Paramanathan, R. / Bernstein, G. / MacKenzie, F. / Tempel, W. / Ouyang, H. / Lee, W.H. / Eisenmesser, E.Z. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2005年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase like 2
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase like 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4944
ポリマ－44,3382
非ポリマー1562
水10,467581
1
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase like 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2472
ポリマ－22,1691
非ポリマー781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase like 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2472
ポリマ－22,1691
非ポリマー781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.028, 65.028, 201.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase like 2 / PPIase / Rotamase / Cyclophilin-60 / Cyclophilin-like protein Cyp-60 / cyclophilin-ring domain


分子量: 22168.861 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence databank residues 20-197 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIL2 / プラスミド: pET28-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q13356, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 581 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.98 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.5
詳細: 0.8M Potassium Sodium Tartrate tetrahydrate, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→30 Å / Num. obs: 57395 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 31.86
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / % possible all: 63.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IIP

1iip


解像度: 1.65→25.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.247 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19376 2907 5.1 %RANDOM
Rwork0.15583 ---
obs0.15775 54423 94.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20.06 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→25.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2938 0 0 589 3527
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223014
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3331.9514064
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6865370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.51223.243148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.28815508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9191526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.21406
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.22073
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2479
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2010.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.06431899
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.71342976
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.42751250
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.93171088
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.49533149
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.2783582
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.48432946
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 136 -
Rwork0.226 2435 -
obs--59.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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