PDB-1zie: Hydrogenated gammaE crystallin in D2O solvent

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zie

タイトル

Hydrogenated gammaE crystallin in D2O solvent

要素

Gamma crystallin E

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / 4 Greek key motifs

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.44 Å

データ登録者

Artero, J.B. / Hartlein, M. / McSweeney, S. / Timmins, P.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: A comparison of refined X-ray structures of hydrogenated and perdeuterated rat gammaE-crystallin in H2O and D2O.
著者: Artero, J.B. / Hartlein, M. / McSweeney, S. / Timmins, P.

履歴

登録	2005年4月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zie.cif.gz	57.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zie.ent.gz	40.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zie.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1zie_validation.pdf.gz	443.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1zie_full_validation.pdf.gz	448.1 KB	表示
XML形式データ	1zie_validation.xml.gz	11.8 KB	表示
CIF形式データ	1zie_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/1zie ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/1zie	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zgtC 1ziqC 1zirC 1a5dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1lki-d 2kfb-d 4gr7-1 2klj-d 1a45-d 4jgf-1 5ifz-d 6w5b-d 6wcy-2 2gzv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (5) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gamma crystallin E

ヘテロ分子

21.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.630, 43.420, 101.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Gamma crystallin E / Gamma crystallin 3-1 / Gamma-2 分子量: 21163.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P02528
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-DOD / water / 重水分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: D₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: PEG 3350, Magnesium Acetate, D2O, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月11日
放射	モノクロメーター: a double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.44→50.64 Å / Num. all: 30894 / Num. obs: 30005 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.44→1.53 Å / % possible all: 90.3

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
MOSFLM	データ削減
XDS	データ削減
MOLREP	位相決定
SHELXL-97	精密化
XDS	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1A5D

1a5d

解像度: 1.44→50.64 Å / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.22	1324	Random
R_work	0.167	-	-
all	0.174	30005	-
obs	0.172	26134	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.44→50.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1477	0	8	202	1687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	s_bond_d	0.017
X-RAY DIFFRACTION	s_angle_d	1.766

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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