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万見
- PDB-1zf2: Four-stranded DNA Holliday Junction (CCC) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zf2
タイトルFour-stranded DNA Holliday Junction (CCC)
要素5'-D(*CP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*G)-3'
キーワードDNA / Crystallographic Screen / DNA Structure / Holliday Junction / Molecular Structure
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Hays, F.A. / Teegarden, A.T. / Jones, Z.J.R. / Harms, M. / Raup, D. / Watson, J. / Cavaliere, E. / Ho, P.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: How sequence defines structure: a crystallographic map of DNA structure and conformation.
著者: Hays, F.A. / Teegarden, A. / Jones, Z.J. / Harms, M. / Raup, D. / Watson, J. / Cavaliere, E. / Ho, P.S.
履歴
登録2005年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0942
ポリマ－6,0942
非ポリマー00
水1,15364
1
A: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*G)-3'

A: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1884
ポリマ－12,1884
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)64.960, 24.710, 36.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-29-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*G)-3'


分子量: 3046.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: DNA WAS SYNTHESIZED ON AN APPLIED BIOSYSTEMS DNA SYNTHESIZER USING PHOSPHORAMIDITE CHEMISTRY, WITH THE TRITYL-PROTECTING GROUP LEFT INTACT AT THE 5'-TERMINAL NUCLEOTIDE THEN DEPROTECTED BY ...詳細: DNA WAS SYNTHESIZED ON AN APPLIED BIOSYSTEMS DNA SYNTHESIZER USING PHOSPHORAMIDITE CHEMISTRY, WITH THE TRITYL-PROTECTING GROUP LEFT INTACT AT THE 5'-TERMINAL NUCLEOTIDE THEN DEPROTECTED BY TREATMENT WITH 3% ACETIC ACID FOR FIFTEEN MINUTES, NEUTRALIZED WITH AMMONIUM HYDROXIDE, AND DESALTED ON A SIGMA G-25 SEPHADEX COLUMN.
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.2645.68
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2981蒸気拡散法, シッティングドロップ法7Na Cacodylate, CaCl2, Spermine, MPD in resevoir, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
2982蒸気拡散法, シッティングドロップ法7Na Cacodylate, CaCl2, Spermine, MPD in resevoir, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Na Cacodylate11
2CaCl211
3Spermine11
4MPD11
5H2O11
6Na Cacodylate12
7CaCl212
8MPD12
9H2O12
10Na Cacodylate21
12CaCl221
13Spermine21
14MPD21
15H2O21
16Na Cacodylate22
17CaCl222
18MPD22
19H2O22

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11031
21031
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 14-ID-B10.827
シンクロトロンAPS 14-ID-B20.827
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2004年2月26日
MARRESEARCH2CCD2004年2月26日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.827 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→16 Å / Num. obs: 3883 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 4.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.88→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.335 / % possible all: 65.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NDB ENTRY UD0028

解像度: 1.95→16 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Data cutoff high absF: 57150.59 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: STRUCTURE IS NOT CURRENTLY REFINED TO ITS LOWEST R VALUES, PLEASE REFER TO CITATION FOR MORE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 349 10 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.231 3477 84.3 %-
溶媒の処理Bsol: 45.44 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 11.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.016 Å20 Å20.593 Å2
2---0.946 Å20 Å2
3---1.962 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 404 0 64 468
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.79
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.562
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.7580
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.10
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.5680
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 69 12.7 %
Rwork0.24 474 -
obs--79 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:DNA-RNA_REP.PARAMCNS_TOPPAR:DNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:WATER_REP.PARAMCNS_TOPPAR:DNA-RNA.LINK
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ION.PARAMCNS_TOPPAR:WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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