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万見
- PDB-1zcz: Crystal structure of Phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide form... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zcz
タイトルCrystal structure of Phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase / IMP cyclohydrolase (TM1249) from THERMOTOGA MARITIMA at 1.88 A resolution
要素Bifunctional purine biosynthesis protein purH
キーワードTRANSFERASE/HYDROLASE / TM1249 / Phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase (EC 2.1.2.3) / IMP cyclohydrolase (EC 3.5.4.10) / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI / TRANSFERASE-HYDROLASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase / phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase activity / IMP cyclohydrolase / IMP cyclohydrolase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
AICAR transformylase, duplication domain / AICAR transformylase, duplicated domain superfamily / AICARFT/IMPCHase bienzyme / Bifunctional purine biosynthesis protein PurH-like / AICARFT/IMPCHase bienzyme / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain superfamily / MGS-like domain / MGS-like domain profile. ...AICAR transformylase, duplication domain / AICAR transformylase, duplicated domain superfamily / AICARFT/IMPCHase bienzyme / Bifunctional purine biosynthesis protein PurH-like / AICARFT/IMPCHase bienzyme / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain superfamily / MGS-like domain / MGS-like domain profile. / MGS-like domain / Cytidine Deaminase; domain 2 / Cytidine deaminase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Bifunctional purine biosynthesis protein PurH
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of AICAR transformylase IMP cyclohydrolase (TM1249) from Thermotoga maritima at 1.88 A resolution.
著者: Axelrod, H.L. / McMullan, D. / Krishna, S.S. / Miller, M.D. / Elsliger, M.A. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Astakhova, T. / Carlton, D. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Duan, L. / Feuerhelm, J. / ...著者: Axelrod, H.L. / McMullan, D. / Krishna, S.S. / Miller, M.D. / Elsliger, M.A. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Astakhova, T. / Carlton, D. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Duan, L. / Feuerhelm, J. / Grzechnik, S.K. / Hale, J. / Han, G.W. / Haugen, J. / Jaroszewski, L. / Jin, K.K. / Klock, H.E. / Knuth, M.W. / Koesema, E. / Morse, A.T. / Nigoghossian, E. / Okach, L. / Oommachen, S. / Paulsen, J. / Quijano, K. / Reyes, R. / Rife, C.L. / van den Bedem, H. / Weekes, D. / White, A. / Wolf, G. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2005年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional purine biosynthesis protein purH
B: Bifunctional purine biosynthesis protein purH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,2526
ポリマ－102,7862
非ポリマー4674
水11,458636
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11720 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area35540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.084, 58.630, 72.749
Angle α, β, γ (deg.)99.26, 96.89, 106.13
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSASPASPAA2 - 16614 - 178
21LYSLYSASPASPBB2 - 16614 - 178
12LEULEUHISHISAA167 - 452179 - 464
22LEULEUHISHISBB167 - 452179 - 464

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Bifunctional purine biosynthesis protein purH / Phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase / IMP cyclohydrolase


分子量: 51392.867 Da / 分子数: 2 / 変異: 2.1.2.3, 3.5.4.10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: purH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0X6
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 636 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.12 %
結晶化温度: 293 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 5
詳細: 20.0% PEG-6000, 0.1M Citrate pH 5.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月3日 / 詳細: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 74289 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.056 / Χ2: 0.962 / Net I/σ(I): 25.65
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured obsRsym valueΧ2% possible all
1.88-1.9170.61.60.020527370.3140.90570.6
1.91-1.9587.31.534080.2580.909
1.95-1.9893.61.636030.2210.925
1.98-2.0395.31.637080.1720.92
2.03-2.0796.21.737730.1450.957
2.07-2.1296.21.936750.1280.909
2.12-2.1797.1237890.130.97
2.17-2.23972.137970.1390.917
2.23-2.2997.12.237700.150.993
2.29-2.3797.42.337700.1690.953
2.37-2.4597.62.537840.1880.96
2.45-2.5597.82.838000.1680.917
2.55-2.67983.138270.1660.953
2.67-2.8198.13.538140.1380.949
2.81-2.9898.3438090.1141.003
2.98-3.2198.64.438290.081.01
3.21-3.5498.74.437990.0540.997
3.54-4.0599.14.438830.0431.006
4.05-5.199.24.438540.0350.918
5.1-5099.44.438600.0330.93

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.6データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1m9n 1g8mA

1m9n


解像度: 1.88→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 5.959 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1). HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2). ELECTRON DENSITY INDICATES A CIS-PEPTIDE BOND CONFORMATION BETWEEN RESIDUES 355 AND 356 ON THE A AND B CHAINS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 3700 5 %RANDOM
Rwork0.156 ---
all0.158 ---
obs0.15849 69797 95.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.497 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.56 Å2-0.09 Å2-1.16 Å2
2--0.21 Å2-1.07 Å2
3---0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6961 0 28 636 7625
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0227186
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.026694
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3951.9699722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.985315552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7855904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.02524.257303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.86151229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2511538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21088
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027973
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021443
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.21433
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.26592
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.23418
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.24224
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2505
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2230.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0710.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2630.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0980.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.60334511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.61531846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.57757234
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.29682698
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.267112488
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
12423medium positional0.470.5
24150medium positional0.570.5
12423medium thermal1.072
24150medium thermal0.882
LS精密化 シェル解像度: 1.882→1.93 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 168 -
Rwork0.217 3246 -
obs--73.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4616-0.50320.53252.786-1.03581.9179-0.0533-0.223-0.43110.35590.10310.05640.2338-0.1339-0.0498-0.09080.01740.0298-0.0840.0176-0.153413.654-17.056222.9795
22.5794-0.46080.39911.3201-0.12420.83630.0095-0.1478-0.04790.0663-0.00070.2415-0.0087-0.1241-0.0088-0.1624-0.00940.0383-0.1630.0061-0.2-20.39571.1171-5.9379
32.494-0.00421.11234.28681.70232.9846-0.1433-0.01780.45190.29020.3506-0.8557-0.37870.3327-0.2072-0.06120.0019-0.0191-0.0625-0.045-0.045522.81145.209721.6997
41.2391-0.09110.23780.97950.19252.2714-0.06550.12840.1168-0.1472-0.0151-0.0802-0.17810.10820.0806-0.1764-0.01080.0183-0.18120.0387-0.1748-1.09455.9959-20.6128
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA2 - 16614 - 178
22AA167 - 452179 - 464
33BB-1 - 16611 - 178
44BB167 - 452179 - 464

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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