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Yorodumi- PDB-4ehi: An X-ray Crystal Structure of a putative Bifunctional Phosphoribo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ehi | ||||||
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Title | An X-ray Crystal Structure of a putative Bifunctional Phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide Formyltransferase/IMP Cyclohydrolase | ||||||
Components | Bifunctional purine biosynthesis protein PurH | ||||||
Keywords | HYDROLASE / TRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase / phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase activity / IMP cyclohydrolase / IMP cyclohydrolase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Campylobacter jejuni subsp. jejuni (Campylobacter) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.28 Å | ||||||
Authors | Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Kwok, J. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: An X-ray Crystal Structure of a putative Bifunctional Phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide Formyltransferase/IMP Cyclohydrolase Authors: Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Kwok, J. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ehi.cif.gz | 407.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ehi.ent.gz | 347.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ehi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ehi_validation.pdf.gz | 462.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4ehi_full_validation.pdf.gz | 467.5 KB | Display | |
Data in XML | 4ehi_validation.xml.gz | 40.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4ehi_validation.cif.gz | 59.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/4ehi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/4ehi | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 59875.805 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (Campylobacter) Strain: NCTC 11168 / Gene: Cj0953c, purH / Plasmid: p15Tv lic / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21 Codonplus(de3) Ril References: UniProt: Q9PNY2, phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase, IMP cyclohydrolase #2: Chemical | ChemComp-BTB / | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 20%PEG 3350, 0.2M Na Sulfate, 0.1M Bis-Tris, 5.8mg/mL protein, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.9786 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 12, 2010 / Details: Be Lenes |
Radiation | Monochromator: Single Diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.28→29.48 Å / Num. all: 48301 / Num. obs: 48301 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 42.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 36.75 |
Reflection shell | Resolution: 2.28→2.3 Å / Redundancy: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.28→29.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU R Cruickshank DPI: 0.297 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Displacement parameters | Biso mean: 47.17 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.28→29.48 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.28→2.34 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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