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- PDB-1yw1: Structure Of Ytnj From Bacillus Subtilis in complex with FMN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yw1
タイトルStructure Of Ytnj From Bacillus Subtilis in complex with FMN
要素PROTEIN YTNJ
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NYSGXRC / beta-alpha barrel / FMN / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能
Nitrilotriacetate monooxygenase component A/pristinamycin IIA synthase subunit A / : / Luciferase-like domain / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-S-alkylcysteine sulfoxide monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure Of Ytnj From Bacillus Subtilis in complex with FMN
著者: Gorman, J. / Shapiro, L.
履歴
登録2005年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年2月3日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / chem_comp
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN YTNJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3453
ポリマ－49,7091
非ポリマー6372
水1,24369
1
A: PROTEIN YTNJ
ヘテロ分子

A: PROTEIN YTNJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,6906
ポリマ－99,4172
非ポリマー1,2734
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area8500 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area30450 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)86.254, 86.254, 194.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The second part of the dimeric biological assembly is generated by y-1, x+1, -z

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN YTNJ / NITRILOTRIACETATE MONOOXYGENASE COMPONENT A HOMOLOG YTNJ


分子量: 49708.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: ytnj / プラスミド: modified pET28B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O34974
#2: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 1.5M NACITRATE, 0.1M HEPES PH 7.5, soaked in .01M FMN, CRYO: 30% glucose, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月18日
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 17468 / Num. obs: 17468 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.57 % / Biso Wilson estimate: 64.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1717 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.81→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 11.182 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.503 / ESU R Free: 0.327 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25241 899 5.2 %RANDOM
Rwork0.18221 ---
all0.186 17394 --
obs0.18553 17329 93.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.603 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.86 Å20 Å20 Å2
2--2.86 Å20 Å2
3----5.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3095 0 43 69 3207
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223213
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9261.9564352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82936634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4615391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.323.631157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.1615522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2641524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2468
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023589
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02685
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.2794
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2160.23048
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1990.21616
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1030.21861
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.040.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1130.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2830.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1260.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4651.52231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2591.5802
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.06623130
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.37831391
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2614.51222
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.81→2.882 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 62 -
Rwork0.276 1208 -
obs--94.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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