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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yw1 | ||||||
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タイトル | Structure Of Ytnj From Bacillus Subtilis in complex with FMN | ||||||
![]() | PROTEIN YTNJ | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NYSGXRC / beta-alpha barrel / FMN / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure Of Ytnj From Bacillus Subtilis in complex with FMN 著者: Gorman, J. / Shapiro, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 776.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 785.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The second part of the dimeric biological assembly is generated by y-1, x+1, -z |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49708.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 糖 | ChemComp-GLC / |
#3: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 1.5M NACITRATE, 0.1M HEPES PH 7.5, soaked in .01M FMN, CRYO: 30% glucose, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月18日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 17468 / Num. obs: 17468 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.57 % / Biso Wilson estimate: 64.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1717 / % possible all: 94.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.603 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.81→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.81→2.882 Å / Total num. of bins used: 20
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