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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yci | ||||||
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タイトル | Factor inhibiting HIF-1 alpha in complex with N-(carboxycarbonyl)-D-phenylalanine | ||||||
![]() | Hypoxia-inducible factor 1 alpha inhibitor | ||||||
![]() | Transcription regulator / oxidoreductase / FIH / HIF / DSBH / OXYGENASE / TRANSCRIPTION / HYPOXIA / INHIBITOR 2-OXOGLUTARATE / ASPARAGINYL HYDROXYLASE / HYDROXYLASE N-(CARBOXYCARBONYL)-D-PHENYLALANINE / NOFD / NDF | ||||||
機能・相同性 | ![]() hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity ...hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity / Notch binding / negative regulation of Notch signaling pathway / NF-kappaB binding / positive regulation of myoblast differentiation / ferrous iron binding / transcription corepressor activity / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | McDonough, M.A. / Schofield, C.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Selective inhibition of factor inhibiting hypoxia-inducible factor 著者: McDonough, M.A. / McNeill, L.A. / Tilliet, M. / Papamicael, C.A. / Chen, Q.Y. / Banerji, B. / Hewitson, K.S. / Schofield, C.J. #1: ![]() タイトル: Structure of factor-inhibiting hypoxia-inducible factor (HIF) reveals mechanism of oxidative modification of HIF-1 alpha 著者: Elkins, J.M. / Hewitson, K.S. / McNeill, L.A. / Seibel, J.F. / Schlemminger, I. / Pugh, C.W. / Ratcliffe, P.J. / Schofield, C.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 457.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 462.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1h2nS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40328.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-FE2 / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % 解説: Rejection criteria as rejection probability, REJECTION CRITERIA (PROBABILITY)) : 0.0001 |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.2M AMMONIUM SULPHATE, 4% PEG400, 0.1M HEPES PH7.5 ARGON ATMOSPHERE, 28MG/ML PROTEIN WITH 1MM FE(II), 10MM N-(CARBOXYCARBONYL)-D-PHENYLALANINE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月10日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→43.45 Å / Num. all: 16510 / Num. obs: 16510 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 19.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 1619 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ISOMORPHOUS WITH 1H2N 開始モデル: 1H2N 解像度: 2.7→43.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.9107 Å2 / ksol: 0.352278 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→43.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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