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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1y47 | ||||||
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タイトル | Structural studies of designed alpha-helical hairpins | ||||||
![]() | dueferri (DF2) | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / Protein design / helical hairpin / turns / diiron proteins | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulin FC, subunit C / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha / : ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lahr, S.J. / Engel, D.E. / Stayrook, S.E. / Maglio, O. / North, B. / Geremia, S. / Lombardi, A. / DeGrado, W.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Analysis and design of turns in alpha-helical hairpins 著者: Lahr, S.J. / Engel, D.E. / Stayrook, S.E. / Maglio, O. / North, B. / Geremia, S. / Lombardi, A. / DeGrado, W.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 31.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 21.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | the biological assembly is a dimer generated by the two fold axis |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5600.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: designed peptide #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 31 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 22% PEG MW 400, 0.1 M CdCl2, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年4月23日 / 詳細: Osmic mirrors |
放射 | モノクロメーター: Osmic Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→15 Å / Num. all: 2640 / Num. obs: 2625 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 86.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.87 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Num. unique all: 379 / % possible all: 97.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1EC5 解像度: 2.7→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Data cutoff high absF: 492107.92 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 83.7173 Å2 / ksol: 0.468996 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.062 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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