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- PDB-1ovr: CRYSTAL STRUCTURE OF FOUR-HELIX BUNDLE MODEL di-Mn(II)-DF1-L13 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ovr
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF FOUR-HELIX BUNDLE MODEL di-Mn(II)-DF1-L13
要素four-helix bundle model di-Mn(II)-DF1-L13
キーワードDE NOVO PROTEIN / ALPHA-HELICAL BUNDLE / PROTEIN DESIGN
機能・相同性Immunoglobulin FC, subunit C / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha / :
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / UNCONVENTIONAL METHOD USING THE GROUP-SUBGROUP RELATION / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Di Costanzo, L. / Geremia, S.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2005
タイトル: Response of a designed metalloprotein to changes in metal ion coordination, exogenous ligands, and active site volume determined by X-ray crystallography.
著者: Geremia, S. / Di Costanzo, L. / Randaccio, L. / Engel, D.E. / Lombardi, A. / Nastri, F. / DeGrado, W.F.
#1: ジャーナル: ANGEW.CHEM.INT.ED.ENGL. / 年: 2003
タイトル: Sliding Helix Induced Change of Coordination Geomet Model Di-Mn(II) Protein
著者: Degrado, W.F. / Di Costanzo, L. / Geremia, S. / Lombardi, A. / Pavone, V. / Randaccio, L.
#2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2001
タイトル: Toward the De Novo Design of a Catalytically Active Helix-Bundle: A Substrate Accessible Carboxylate-Br Dinuclear Metal Center
著者: Di Costanzo, L. / Wade, H. / Geremia, S. / Randaccio, L. / Pavone, V. / Degrado, W.F. / Lombardi, A.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Retrostructural Analysis of Metalloproteins: Application to the Design of a Minimal Model for Diiron Proteins
著者: Lombardi, A. / Summa, C.M. / Geremia, S. / Randaccio, L. / Pavone, V. / Degrado, W.F.
履歴
登録2003年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32013年2月20日Group: Derived calculations
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: four-helix bundle model di-Mn(II)-DF1-L13
B: four-helix bundle model di-Mn(II)-DF1-L13
C: four-helix bundle model di-Mn(II)-DF1-L13
D: four-helix bundle model di-Mn(II)-DF1-L13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7589
ポリマ－23,4844
非ポリマー2755
水68538
1
A: four-helix bundle model di-Mn(II)-DF1-L13
ヘテロ分子

A: four-helix bundle model di-Mn(II)-DF1-L13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8524
ポリマ－11,7422
非ポリマー1102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area2400 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area6510 Å2
手法PISA
2
B: four-helix bundle model di-Mn(II)-DF1-L13
ヘテロ分子

B: four-helix bundle model di-Mn(II)-DF1-L13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8524
ポリマ－11,7422
非ポリマー1102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_554x,-y,-z-11
Buried area2400 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area6230 Å2
手法PISA
3
C: four-helix bundle model di-Mn(II)-DF1-L13
D: four-helix bundle model di-Mn(II)-DF1-L13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9075
ポリマ－11,7422
非ポリマー1653
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area6530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.888, 149.177, 38.578
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ACE / Beg label comp-ID: ACE / End auth comp-ID: MN / End label comp-ID: MN / Refine code: 6 / Label seq-ID: 1

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
1AA - E0 - 50
2BB - F0 - 51
3CC - G0 - 52
4DD - H0 - 53

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
four-helix bundle model di-Mn(II)-DF1-L13 / di-Mn(II)-DF1-L13


分子量: 5870.894 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THIS PROTEIN WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED.
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: peg 400, Buffer Tris-HCl, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年6月15日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: 1.2 / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.21
21.21
反射解像度: 2.99→76.4 Å / Num. obs: 5371 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.91→2.01 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.168 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Rsym value: 0.168 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: UNCONVENTIONAL METHOD USING THE GROUP-SUBGROUP RELATION
解像度: 2.99→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.892 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.819 / SU B: 26.986 / SU ML: 0.526 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.543
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30542 240 4.5 %RANDOM
Rwork0.2258 ---
obs0.22931 5371 98.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.402 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å20 Å20 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1664 0 5 38 1707
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0221710
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8572.0412288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9393188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.43915364
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021192
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2970.3793
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.570
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2740.382
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.260.59
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4081.5972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9821568
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.4413734
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.074.5708
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 417 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.665
2Bloose positional0.675
3Cloose positional0.815
4Dloose positional0.935
1Aloose thermal7.4110
2Bloose thermal6.3510
3Cloose thermal7.5610
4Dloose thermal6.9910
LS精密化 シェル解像度: 3→3.075 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.373 23
Rwork0.258 306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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