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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xuf | ||||||
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タイトル | TRYPSIN-BABIM-ZN+2, PH 8.2 | ||||||
![]() | TRYPSIN | ||||||
![]() | SERINE PROTEASE / COMPLEX / TRYPSIN-ZN+2-SMALL MOLECULE LIGAND / DESIGNED SMALL MOLECULE LIGAND WITH NANOMOLAR AFFINITY | ||||||
機能・相同性 | ![]() trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Katz, B.A. / Clark, J.M. / Finer-Moore, J.S. / Jenkins, T.E. / Johnson, C.R. / Rose, M.J. / Luong, C. / Moore, W.R. / Stroud, R.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Design of potent selective zinc-mediated serine protease inhibitors. 著者: Katz, B.A. / Clark, J.M. / Finer-Moore, J.S. / Jenkins, T.E. / Johnson, C.R. / Ross, M.J. / Luong, C. / Moore, W.R. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1c1nC ![]() 1c1oC ![]() 1c1pC ![]() 1c1qC ![]() 1c1rC ![]() 1c1tC ![]() 1c1uC ![]() 1c1vC ![]() 1c1wC ![]() 1c2dC ![]() 1c2eC ![]() 1c2fC ![]() 1c2gC ![]() 1c2hC ![]() 1c2iC ![]() 1c2jC ![]() 1c2kC ![]() 1c2lC ![]() 1c2mC ![]() 1xugC ![]() 1xuhC ![]() 1xuiC ![]() 1xujC ![]() 1xukC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: TRYPSIN/ZN+2/SMALL MOLECULE LIGAND COMPLEX / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-BAZ / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 20 % 解説: DATA WITH RSYM > 50 % WERE REJECTED ALONG WITH DATA WHOSE VALUES WERE > 3.5 SIGMA FROM THE MEAN FOR EACH SET OF SYMMETRY EQUIVALENTS |
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結晶化 | pH: 8.2 詳細: SYNTHETIC MOTHER LIQUOR = 75% SATURATED MAGNESIUM SULFATE, 25 % 1.0 M TRIS ADJUSTED TO PH 8.2; SATURATED IN BABIM, 5.0 MM ZN+2. COMPLEX PRODUCED BY SOAKING TRYPSIN-BENZAMIDINE CO-CRYSTAL. |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | Ambient temp details: ROOM |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 14155 / % possible obs: 57 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.085 |
反射 シェル | 解像度: 2.04→2.13 Å / % possible all: 51 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 51 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 最高解像度: 1.9 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.04 Å / 最低解像度: 2.13 Å / Num. reflection Rfree: 2.04 / Num. reflection Rwork: 2.13 |