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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xnr | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Crystal Structure of an Inosine-Cytosine Wobble Base Pair in the Context of the Decoding Center | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / translation / decoding / 30S / tRNA modification | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation ...ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | ![]() Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Murphy, F.V. / Ramakrishnan, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004タイトル: Structure of a purine-purine wobble base pair in the decoding center of the ribosome. 著者: Murphy, F.V. / Ramakrishnan, V. | ||||||
| 履歴 |
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| Remark 999 | SEQUENCE Residues G1002 and G1003; G1031 and 1032; C1362 and A1363; C1539 and U1540 in chain A are ...SEQUENCE Residues G1002 and G1003; G1031 and 1032; C1362 and A1363; C1539 and U1540 in chain A are linked together which are shown as close contacts at remark 500. The missing residues within the links are listed in remark 465. |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
|---|
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 1xnr.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb1xnr.ent.gz | 937.2 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 1xnr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 1xnr_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 1xnr_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
| XML形式データ | 1xnr_validation.xml.gz | 157.4 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 1xnr_validation.cif.gz | 222.8 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/1xnr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/1xnr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| 単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 AXW
| #1: RNA鎖 | 分子量: 493958.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 155076 |
|---|---|
| #2: RNA鎖 | 分子量: 3506.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
| #3: RNA鎖 | 分子量: 1239.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-16S Ribosomal protein ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTV
| #4: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80371 |
|---|---|
| #5: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80372 |
| #6: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80373 |
| #7: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P27152, UniProt: Q5SHQ5*PLUS |
| #8: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P23370, UniProt: Q5SLP8*PLUS |
| #9: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P17291 |
| #10: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P62668, UniProt: P0DOY9*PLUS |
| #11: タンパク質 | 分子量: 14429.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80374 |
| #12: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80375, UniProt: Q5SHN7*PLUS |
| #13: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80376 |
| #14: タンパク質 | 分子量: 14920.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 581812, UniProt: Q5SHN3*PLUS |
| #15: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80377 |
| #16: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24320, UniProt: P0DOY6*PLUS |
| #17: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80378, UniProt: Q5SJ76*PLUS |
| #18: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80379, UniProt: Q5SJH3*PLUS |
| #19: タンパク質 | 分子量: 12324.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P62658, UniProt: P0DOY7*PLUS |
| #20: タンパク質 | 分子量: 10244.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80382, UniProt: Q5SLQ0*PLUS |
| #21: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80381, UniProt: Q5SHP2*PLUS |
| #22: タンパク質 | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80380 |
| #23: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P62612, UniProt: Q5SIH3*PLUS |
-非ポリマー , 3種, 111分子 




| #24: 化合物 | ChemComp-PAR / | ||
|---|---|---|---|
| #25: 化合物 | ChemComp-MG / #26: 化合物 | |
-詳細
| Has protein modification | Y |
|---|
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 |
|---|
-
試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 4.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.58 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MPD, magnesium chloride, potassium chloride, ammonium chloride, MES-KOH, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 溶液の組成 |
|
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å |
| 検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月20日 |
| 放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 0.9393 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 3.1→99 Å / Num. obs: 257063 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 22.2 % / Net I/σ(I): 14.35 |
| 反射 シェル | 解像度: 3.1→3.21 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / % possible all: 91.8 |
-
解析
| ソフトウェア |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換開始モデル: empty 30S 解像度: 3.1→99 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso mean: 77.01 Å2 | ||||||||||||||||||||
| Refine analyze |
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| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→99 Å
| ||||||||||||||||||||
| 拘束条件 |
|
ムービー
コントローラー
万見について





Thermus thermophilus (バクテリア)
X線回折
引用























PDBj































