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- PDB-1x7a: Porcine Factor IXa Complexed to 1-{3-[amino(imino)methyl]phenyl}-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x7a
タイトルPorcine Factor IXa Complexed to 1-{3-[amino(imino)methyl]phenyl}-N-[4-(1H-benzimidazol-1-yl)-2-fluorophenyl]-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazole-5-carboxamide
要素
  • Coagulation Factor IX, light chain
  • Coagulation Factor IXa
キーワードblood clotting / hydrolase / inhibition / X-ray structure
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation factor IXa / zymogen activation / blood coagulation / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Laminin / Laminin / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. ...Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Laminin / Laminin / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-187 / Coagulation factor IX
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Alexander, R.S. / Smallwood, A.M. / Smallheer, J.M. / Wang, J. / Wang, S. / Nakajima, S. / Rossi, K.A. / Barbera, F. / Burdick, D. / Luettgen, J.M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2004
タイトル: SAR and factor IXa crystal structure of a dual inhibitor of factors IXa and Xa
著者: Smallheer, J.M. / Alexander, R.S. / Wang, J. / Wang, S. / Nakajima, S. / Rossi, K.A. / Smallwood, A. / Barbera, F. / Burdick, D. / Luettgen, J.M. / Knabb, R.M. / Wexler, R.R. / Jadhav, P.K.
履歴
登録2004年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Coagulation Factor IXa
L: Coagulation Factor IX, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0183
ポリマ－42,5112
非ポリマー5071
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area16400 Å2
手法PISA
2
C: Coagulation Factor IXa
L: Coagulation Factor IX, light chain
ヘテロ分子

C: Coagulation Factor IXa
L: Coagulation Factor IX, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0376
ポリマ－85,0224
非ポリマー1,0152
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_557y,x,-z+21
Buried area8200 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area29370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.0, 129.0, 71.3
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number92
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Coagulation Factor IXa / E.C.3.4.21.22 / Christmas factor


分子量: 26054.574 Da / 分子数: 1 / 断片: heavy chain, proteinase / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P16293, coagulation factor IXa
#2: 抗体 Coagulation Factor IX, light chain / mature porcine factor IX


分子量: 16456.449 Da / 分子数: 1 / 断片: light chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P16293
#3: 化合物 ChemComp-187 / 1-{3-[AMINO(IMINO)METHYL]PHENYL}-N-[4-(1H-BENZIMIDAZOL-1-YL)-2-FLUOROPHENYL]-3-(TRIFLUOROMETHYL)-1H-PYRAZOLE-5-CARBOXAMIDE


分子量: 507.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H17F4N7O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 250 mM Na Acetate, 14% PEG 6000, pH 8.5, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→8 Å / Num. all: 10769 / Num. obs: 7964 / Observed criterion σ(I): 1

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→8 Å / 交差検証法: NONE / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
Rfactor反射数
Rwork0.216 -
obs0.2161 7964
all-10769
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3149 0 37 0 3186
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d2.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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