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- PDB-6yn8: Human MALT1(334-719) in complex with a tetrazole containing compound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yn8
タイトルHuman MALT1(334-719) in complex with a tetrazole containing compound
要素Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
キーワードHYDROLASE / DIMER / Active Site inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / response to fungus / CLEC7A/inflammasome pathway / nuclear export / small molecule binding / B cell activation ...polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / response to fungus / CLEC7A/inflammasome pathway / nuclear export / small molecule binding / B cell activation / endopeptidase activator activity / T cell proliferation / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of interleukin-2 production / proteolysis involved in protein catabolic process / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-1 beta production / Activation of NF-kappaB in B cells / CLEC7A (Dectin-1) signaling / defense response / FCERI mediated NF-kB activation / positive regulation of T cell cytokine production / fibrillar center / ubiquitin-protein transferase activity / Downstream TCR signaling / peptidase activity / T cell receptor signaling pathway / protease binding / regulation of apoptotic process / endopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / innate immune response / cysteine-type endopeptidase activity / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3360 / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / : / MALT1 Ig-like domain / Rossmann fold - #1460 / Immunoglobulin domain / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. ...Immunoglobulin-like - #3360 / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / : / MALT1 Ig-like domain / Rossmann fold - #1460 / Immunoglobulin domain / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Immunoglobulin domain / Death-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OZK / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.052 Å
データ登録者Renatus, M.
引用ジャーナル: Advanced Therapeutics / 年: 2020
タイトル: Stabilizing Inactive Conformations of MALT1 as an Effective Approach to Inhibit Its Protease Activity
著者: Hughes, N. / Erbel, P. / Bornancin, F. / Wiesmann, C. / Schiering, N. / Villard, F. / Decock, A. / Rubi, B. / Melkko, S. / Spanka, C. / Buschmann, N. / Pissot-Soldermann, C. / Simic, O. / ...著者: Hughes, N. / Erbel, P. / Bornancin, F. / Wiesmann, C. / Schiering, N. / Villard, F. / Decock, A. / Rubi, B. / Melkko, S. / Spanka, C. / Buschmann, N. / Pissot-Soldermann, C. / Simic, O. / Beerli, R. / Sorge, M. / Tintelnot-Blomley, M. / Beltz, K. / Regnier, C.H. / Quancard, J. / Schlapbach, A. / Langlois, J. / Renatus, M.
履歴
登録2020年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4952
ポリマ－43,9841
非ポリマー5121
水724
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area17100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.293, 106.356, 106.455
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-901-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT lymphoma-associated translocation / Paracaspase


分子量: 43983.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MALT1, MLT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UDY8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-OZK / 3-azanyl-3-methyl-~{N}-[(3~{R})-4-oxidanylidene-5-[[4-[2-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenyl]phenyl]methyl]-2,3-dihydro-1,5-benzoxazepin-3-yl]butanamide


分子量: 511.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H29N7O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.26 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 1.8 M Sodium/Potassium phosphate pH 6.9 10mg/ml protein in 25mM HEPES pH7.5, 50mM NaCl, 1mM TCEP. Mixed with compound (final concentration at 1mM)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.052→60.4 Å / Num. obs: 11243 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 105.64 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 15.8 / Num. measured all: 72615
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.052-3.0626.60.9357621160.8510.3941.0152.2100
14.105-60.45.10.0287131400.9990.0140.03240.498.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4 (13-Dec-2018)データスケーリング
BUSTER2.11.7 (6-FEB-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3v55

3v55


解像度: 3.052→60.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.871 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.373
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 547 4.87 %RANDOM
Rwork0.2128 ---
obs0.2143 11243 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 178.46 Å2 / Biso mean: 109.53 Å2 / Biso min: 49.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--59.1364 Å20 Å20 Å2
2--14.081 Å20 Å2
3---45.0555 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.47 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.052→60.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2892 0 38 4 2934
Biso mean--78.41 77.96 -
残基数----365
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1063SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes528HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2987HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion378SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1956SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2987HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4042HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.92
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.73
LS精密化 シェル解像度: 3.052→3.09 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4104 26 6.24 %
Rwork0.3002 391 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.9235 Å / Origin y: -5.7631 Å / Origin z: -26.9817 Å
111213212223313233
T0.0371 Å2-0.1069 Å2-0.022 Å2--0.1684 Å20.0316 Å2---0.0506 Å2
L0.5473 °20.0048 °2-0.1739 °2-2.2228 °20.3716 °2--4.5903 °2
S-0.0229 Å °-0.0455 Å °0.0698 Å °-0.5442 Å °-0.0065 Å °0.0049 Å °-0.0327 Å °-0.0806 Å °0.0294 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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