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- PDB-1x2i: Crystal Structure Of Archaeal Xpf/Mus81 Homolog, Hef From Pyrococ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x2i
タイトルCrystal Structure Of Archaeal Xpf/Mus81 Homolog, Hef From Pyrococcus Furiosus, Helix-hairpin-helix Domain
要素Hef helicase/nuclease
キーワードHYDROLASE / alpha helix / helix-hairpin-helix DNA binding domain / homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity, acting on DNA / DNA conformation change / nuclease activity / helicase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Archaeal Hef helicase/nuclease, insert domain / Putative ATP-dependent RNA helicase, helical bundle / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / DisA/LigA, helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-helix motif / RuvA domain 2-like / Restriction endonuclease type II-like / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 ...Archaeal Hef helicase/nuclease, insert domain / Putative ATP-dependent RNA helicase, helical bundle / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / DisA/LigA, helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-helix motif / RuvA domain 2-like / Restriction endonuclease type II-like / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Helicase conserved C-terminal domain / DNA polymerase; domain 1 / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent RNA helicase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Nishino, T. / Komori, K. / Ishino, Y. / Morikawa, K.
引用ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2005
タイトル: Structural and Functional Analyses of an Archaeal XPF/Rad1/Mus81 Nuclease: Asymmetric DNA Binding and Cleavage Mechanisms
著者: Nishino, T. / Komori, K. / Ishino, Y. / Morikawa, K.
履歴
登録2005年4月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hef helicase/nuclease
B: Hef helicase/nuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9762
ポリマ－16,9762
非ポリマー00
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area6920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.942, 56.889, 68.371
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hef helicase/nuclease / ATP-dependent RNA helicase


分子量: 8487.955 Da / 分子数: 2 / 断片: Helix-hairpin-helix DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: PF2015 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q8TZH8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: trypsin, Na-Malonate, pH 7.0, EVAPORATION, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU11
シンクロトロンSPring-8 BL38B120.9729, 0.97774, 0.97779, 0.9757
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1CCD2002年10月21日
MARRESEARCH2CCD2002年10月21日graphite
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1DOUBLE-CRYSTALSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2DiamondMADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97291
30.977741
40.977791
50.97571
反射解像度: 1.45→20 Å / Num. obs: 27454 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.061
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / Rsym value: 0.104 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.45→20 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2383 2717 random
Rwork0.2218 --
all0.2234 28301 -
obs0.2234 27184 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.04 Å-0.04 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1066 0 0 125 1191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7099
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.37
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003692
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.02152
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.5 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2472 252 -
Rwork0.2103 --
obs-2685 96.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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