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万見
- PDB-1vf5: Crystal Structure of Cytochrome b6f Complex from M.laminosus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vf5
タイトルCrystal Structure of Cytochrome b6f Complex from M.laminosus
要素
  • CYTOCHROME B6
  • CYTOCHROME F
  • PROTEIN PET G
  • PROTEIN PET L
  • PROTEIN PET M
  • PROTEIN PET N
  • RIESKE IRON-SULFUR PROTEIN
  • SUBUNIT IV
キーワードPHOTOSYNTHESIS / membrane protein complex / electron transfer complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / plastoquinol--plastocyanin reductase activity / : / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / quinol-cytochrome-c reductase activity / plasma membrane-derived thylakoid membrane / : / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen ...cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / plastoquinol--plastocyanin reductase activity / : / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / quinol-cytochrome-c reductase activity / plasma membrane-derived thylakoid membrane / : / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / photosynthesis / respiratory electron transport chain / monooxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / plastocyanin oxidoreductase / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome f large domain / Iron-sulfur subunit PetC transmembrane anchor / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 / Cytochrome b6/f complex, subunit IV / PetM of cytochrome b6/f complex subunit 7 ...Single helix bin / plastocyanin oxidoreductase / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome f large domain / Iron-sulfur subunit PetC transmembrane anchor / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 / Cytochrome b6/f complex, subunit IV / PetM of cytochrome b6/f complex subunit 7 / Cytochrome b6, PetB / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 superfamily / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 superfamily / Cytochrome B6-F complex subunit 5 / PetN / PetM family of cytochrome b6f complex subunit 7 / Cytochrome f transmembrane anchor / Cytochrome f / Cytochrome f large domain / Cytochrome f large domain superfamily / Apocytochrome F, C-terminal / Apocytochrome F, N-terminal / Cytochrome f family profile. / Single helix bin / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / : / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Rudiment single hybrid motif / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-OPC / Chem-PL9 / Chem-TDS / Cytochrome b6 / Cytochrome b6-f complex subunit 4 / Cytochrome f ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-OPC / Chem-PL9 / Chem-TDS / Cytochrome b6 / Cytochrome b6-f complex subunit 4 / Cytochrome f / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome b6-f complex subunit 7 / Cytochrome b6-f complex subunit 5 / Cytochrome b6-f complex subunit 8
類似検索 - 構成要素
生物種Mastigocladus laminosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kurisu, G. / Zhang, H. / Smith, J.L. / Cramer, W.A.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2003
タイトル: Structure of the Cytochrome B6F Complex of Oxygenic Photosynthesis: Tuning the Cavity
著者: Kurisu, G. / Zhang, H. / Smith, J.L. / Cramer, W.A.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: A Defined Protein-Detergent-Lipid Complex for Crystallization of Integral Membrane Proteins: The Cytochrome B6F Complex of Oxygenic Photosynthesis
著者: Zhang, H. / Kurisu, G. / Smith, J.L. / Cramer, W.A.
履歴
登録2004年4月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2004年4月20日ID: 1UM3
改定 1.02004年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_entry_details ...database_PDB_caveat / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME B6
B: SUBUNIT IV
C: CYTOCHROME F
D: RIESKE IRON-SULFUR PROTEIN
E: PROTEIN PET L
F: PROTEIN PET M
G: PROTEIN PET G
H: PROTEIN PET N
N: CYTOCHROME B6
O: SUBUNIT IV
P: CYTOCHROME F
Q: RIESKE IRON-SULFUR PROTEIN
R: PROTEIN PET L
S: PROTEIN PET M
T: PROTEIN PET G
U: PROTEIN PET N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,94138
ポリマ－215,25716
非ポリマー13,68422
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area67560 Å2
ΔGint-794 kcal/mol
Surface area82140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.536, 157.536, 360.347
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 ANBOCPDQ

#1: タンパク質 CYTOCHROME B6


分子量: 24245.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THERMOPHILIC CYANOBACTERIUM / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83791
#2: タンパク質 SUBUNIT IV


分子量: 17636.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THERMOPHILIC CYANOBACTERIUM / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83792
#3: タンパク質 CYTOCHROME F


分子量: 31655.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THERMOPHILIC CYANOBACTERIUM / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83793
#4: タンパク質 RIESKE IRON-SULFUR PROTEIN


分子量: 19450.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THERMOPHILIC CYANOBACTERIUM / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83794

-
タンパク質・ペプチド , 4種, 8分子 ERFSGTHU

#5: タンパク質・ペプチド PROTEIN PET L


分子量: 3504.444 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THERMOPHILIC CYANOBACTERIUM / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83795
#6: タンパク質・ペプチド PROTEIN PET M


分子量: 3843.595 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THERMOPHILIC CYANOBACTERIUM / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83796
#7: タンパク質・ペプチド PROTEIN PET G


分子量: 4016.661 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THERMOPHILIC CYANOBACTERIUM / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83797
#8: タンパク質・ペプチド PROTEIN PET N


分子量: 3276.932 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THERMOPHILIC CYANOBACTERIUM / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83798

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非ポリマー , 8種, 24分子

#9: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#10: 化合物 ChemComp-TDS / 8-HYDROXY-5,7-DIMETHOXY-3-METHYL-2-TRIDECYL-4H-CHROMEN-4-ONE / TRIDECYL-STIGMATELLIN / トリデシルスチグマテリン


分子量: 418.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H38O5
#11: 化合物 ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#12: 化合物
ChemComp-OPC / (7R,17E)-4-HYDROXY-N,N,N,7-TETRAMETHYL-7-[(8E)-OCTADEC-8-ENOYLOXY]-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-17-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE / DIOLEOYL-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 801.148 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H87NO8P / コメント: リン脂質*YM
#13: 化合物 ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#14: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#15: 化合物 ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#16: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG400, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0332
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→150 Å / Num. obs: 100622 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
MLPHARE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3→48.16 Å / Data cutoff high absF: 2928724.46 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: Twinning was treated during refinement and the twinning fraction set to 0.50.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.346 2788 3 %RANDOM
Rwork0.258 ---
obs0.258 100530 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 93.1547 Å2 / ksol: 0.31323 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 87.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.71 Å2-9.44 Å20 Å2
2---5.39 Å20 Å2
3---11.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.79 Å0.63 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.8 Å0.79 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→48.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14141 0 948 2 15091
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.16
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.14 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.422 358 3 %
Rwork0.398 12188 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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