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- PDB-2zt9: Crystal Structure of the Cytochrome b6f Complex from Nostoc sp. P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zt9
タイトルCrystal Structure of the Cytochrome b6f Complex from Nostoc sp. PCC 7120
要素
  • (Cytochrome b6-f complex subunit ...) x 5
  • Apocytochrome f
  • Cytochrome b6
  • Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 1
キーワードPHOTOSYNTHESIS / CYTOCHROME B6F COMPLEX / heme b / 2Fe-2S PROTEIN / CYTOCHROME F
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / plastoquinol--plastocyanin reductase activity / : / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / plasma membrane-derived thylakoid membrane / : / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / photosynthesis ...cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / plastoquinol--plastocyanin reductase activity / : / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / plasma membrane-derived thylakoid membrane / : / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / photosynthesis / respiratory electron transport chain / monooxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / plastocyanin oxidoreductase / Cytochrome B6-F complex subunit VI (PetL) / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome f large domain / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 / Cytochrome b6/f complex, subunit IV / PetM of cytochrome b6/f complex subunit 7 ...Single helix bin / plastocyanin oxidoreductase / Cytochrome B6-F complex subunit VI (PetL) / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome f large domain / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 / Cytochrome b6/f complex, subunit IV / PetM of cytochrome b6/f complex subunit 7 / Cytochrome b6, PetB / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 superfamily / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 superfamily / Cytochrome B6-F complex subunit 5 / PetN / PetM family of cytochrome b6f complex subunit 7 / Iron-sulfur subunit PetC transmembrane anchor / Cytochrome f transmembrane anchor / Cytochrome f / Cytochrome f large domain / Cytochrome f large domain superfamily / Apocytochrome F, C-terminal / Apocytochrome F, N-terminal / Cytochrome f family profile. / Single helix bin / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / : / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rudiment single hybrid motif / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-OPC / Chem-SQD / Cytochrome b6 / Cytochrome b6-f complex subunit 7 / Cytochrome b6-f complex subunit 5 / Cytochrome b6-f complex subunit 8 ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-OPC / Chem-SQD / Cytochrome b6 / Cytochrome b6-f complex subunit 7 / Cytochrome b6-f complex subunit 5 / Cytochrome b6-f complex subunit 8 / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome f / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 1 / Cytochrome b6-f complex subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Craner, W.A. / Baniulis, D. / Yamashita, E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure-Function, Stability, and Chemical Modification of the Cyanobacterial Cytochrome b6f Complex from Nostoc sp. PCC 7120
著者: Baniulis, D. / Yamashita, E. / Whitelegge, J.P. / Zatsman, A.I. / Hendrich, M.P. / Hasan, S.S. / Ryan, C.M. / Cramer, W.A.
履歴
登録2008年9月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22013年12月11日Group: Database references
改定 1.32018年6月20日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42019年10月2日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_validate_close_contact ...database_PDB_caveat / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 2.02023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b6
B: Cytochrome b6-f complex subunit 4
C: Apocytochrome f
D: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 1
E: Cytochrome b6-f complex subunit 6
F: Cytochrome b6-f complex subunit 7
G: Cytochrome b6-f complex subunit 5
H: Cytochrome b6-f complex subunit 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,20121
ポリマ－106,2428
非ポリマー7,95913
水543
1
A: Cytochrome b6
B: Cytochrome b6-f complex subunit 4
C: Apocytochrome f
D: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 1
E: Cytochrome b6-f complex subunit 6
F: Cytochrome b6-f complex subunit 7
G: Cytochrome b6-f complex subunit 5
H: Cytochrome b6-f complex subunit 8
ヘテロ分子

A: Cytochrome b6
B: Cytochrome b6-f complex subunit 4
C: Apocytochrome f
D: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 1
E: Cytochrome b6-f complex subunit 6
F: Cytochrome b6-f complex subunit 7
G: Cytochrome b6-f complex subunit 5
H: Cytochrome b6-f complex subunit 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,40342
ポリマ－212,48416
非ポリマー15,91926
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area83480 Å2
ΔGint-908 kcal/mol
Surface area79200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.225, 159.225, 365.886
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ACD

#1: タンパク質 Cytochrome b6


分子量: 24291.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: P0A384
#3: タンパク質 Apocytochrome f / Cytochrome f


分子量: 31178.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q93SW9
#4: タンパク質 Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 1 / Rieske iron-sulfur protein 1 / Plastohydroquinone:plastocyanin oxidoreductase iron-sulfur protein 1 ...Rieske iron-sulfur protein 1 / Plastohydroquinone:plastocyanin oxidoreductase iron-sulfur protein 1 / ISP 1 / RISP 1


分子量: 19216.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q93SX0, EC: 1.10.99.1

-
Cytochrome b6-f complex subunit ... , 5種, 5分子 BEFGH

#2: タンパク質 Cytochrome b6-f complex subunit 4 / 17 kDa polypeptide


分子量: 17548.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q93SX1
#5: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome b6-f complex subunit VI / Cytochrome b6-f complex subunit petL


分子量: 3227.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8YVQ2
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 7 / Cytochrome b6-f complex subunit VII / Cytochrome b6-f complex subunit petM


分子量: 3547.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: P0A3Y1
#7: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 5 / Cytochrome b6-f complex subunit V / Cytochrome b6-f complex subunit petG


分子量: 3997.765 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: P58246
#8: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 8 / Cytochrome b6-f complex subunit VIII / Cytochrome b6-f complex subunit petN


分子量: 3234.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: P61048

-
非ポリマー , 8種, 16分子

#9: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#10: 化合物 ChemComp-UMQ / UNDECYL-MALTOSIDE / UNDECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / ウンデシルβ-マルトシド


分子量: 496.589 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H44O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#12: 化合物 ChemComp-OPC / (7R,17E)-4-HYDROXY-N,N,N,7-TETRAMETHYL-7-[(8E)-OCTADEC-8-ENOYLOXY]-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-17-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE / DIOLEOYL-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 801.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H87NO8P / コメント: リン脂質*YM
#13: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#14: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#15: 化合物 ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#16: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.029851 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.601486 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 3 Å / Num. obs: 54614 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 2.0E+74 / 解像度: 3→45.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 12.51 / SU ML: 0.21 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.442 / ESU R Free: 0.311 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25908 2770 5.1 %RANDOM
Rwork0.22996 ---
obs0.23142 51833 98.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 73.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å2-0.1 Å20 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→45.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7364 0 545 3 7912
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0228135
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7922.07811121
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8315950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.90424.146287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.968151197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7041526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.21226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.23848
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.25486
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2231
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2090.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1860.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5281.54843
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.94627675
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.98633937
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7174.53434
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.004→3.082 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 200 -
Rwork0.307 3742 -
obs--98.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.68690.78061.26765.00470.03322.53420.3595-0.59660.25740.7439-0.13670.7766-0.45-0.7421-0.2229-0.06570.04870.3155-0.0657-0.05650.1668-78.640272.946655.8835
21.7069-0.01011.68733.91921.78392.74140.3690.45610.0882-0.1283-0.01661.24490.1804-0.6362-0.3524-0.15410.13120.04730.0751-0.01360.2788-85.013469.752142.3489
31.62270.7867-0.78950.5512-0.20940.56120.09110.13440.65650.21660.13080.4628-0.2462-0.1236-0.2219-0.0011-0.02710.0109-0.06340.05690.1021-47.618193.881319.1706
40.00690.1636-0.04819.7748-2.00910.4627-0.1185-0.6278-1.0714-0.24660.2219-0.63540.43180.3988-0.10340.20040.2722-0.28170.3079-0.69520.553-69.494420.3974-19.3467
51.33950.29060.73441.95620.99571.0660.12340.3891-0.08130.0086-0.02910.15520.01030.0403-0.0943-0.17060.0625-0.07840.204-0.0945-0.0628-73.513557.0197-6.2724
64.42492.1915-0.47931.5260.11040.62330.08050.47860.3911-0.04970.02130.1182-0.19220.046-0.1019-0.0715-0.041-0.0008-0.00930.15650.0773-42.566694.20729.5018
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D100 - 148
2X-RAY DIFFRACTION2D54 - 99
3X-RAY DIFFRACTION2D149 - 179
4X-RAY DIFFRACTION3D9 - 46
5X-RAY DIFFRACTION4C171 - 233
6X-RAY DIFFRACTION5C1 - 169
7X-RAY DIFFRACTION5C236 - 251
8X-RAY DIFFRACTION6C253 - 288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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