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Yorodumi- PDB-4pv1: Cytochrome B6F structure from M. laminosus with the quinone analo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4pv1 | |||||||||
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Title | Cytochrome B6F structure from M. laminosus with the quinone analog inhibitor stigmatellin | |||||||||
Components |
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Keywords | ELECTRON TRANSPORT/INHIBITOR / ALPHA HELIX / BETA SHEET / PLASTOQUINOL:PLASTOCYANIN OXIDOREDUCTASE / PLASTOCYANIN / THYLAKOID MEMBRANE / ELECTRON TRANSPORT-INHIBITOR COMPLEX | |||||||||
Function / homology | Function and homology information plastoquinol--plastocyanin reductase activity / cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / electron transporter, transferring electrons within cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthesis ...plastoquinol--plastocyanin reductase activity / cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / electron transporter, transferring electrons within cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthesis / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Mastigocladus laminosus (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / RIGID BODY REFINEMENT, RESTRAINED REFINEMENT / Resolution: 3 Å | |||||||||
Authors | Hasan, S.S. / Yamashita, E. / Cramer, W.A. | |||||||||
Citation | Journal: Biophys.J. / Year: 2014 Title: Traffic within the cytochrome b6f lipoprotein complex: gating of the quinone portal. Authors: Hasan, S.S. / Proctor, E.A. / Yamashita, E. / Dokholyan, N.V. / Cramer, W.A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4pv1.cif.gz | 410.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4pv1.ent.gz | 352.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4pv1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4pv1_validation.pdf.gz | 4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4pv1_full_validation.pdf.gz | 4.2 MB | Display | |
Data in XML | 4pv1_validation.xml.gz | 44.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4pv1_validation.cif.gz | 55.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/4pv1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/4pv1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 3 types, 3 molecules ACD
#1: Protein | Mass: 24245.529 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mastigocladus laminosus (bacteria) / References: UniProt: P83791 |
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#3: Protein | Mass: 31655.088 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 45-333 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mastigocladus laminosus (bacteria) / References: UniProt: P83793 |
#4: Protein | Mass: 19422.178 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mastigocladus laminosus (bacteria) / References: UniProt: P83794, EC: 1.10.9.1 |
-Cytochrome b6-f complex subunit ... , 5 types, 5 molecules BEFGH
#2: Protein | Mass: 17687.049 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mastigocladus laminosus (bacteria) / References: UniProt: P83792 |
---|---|
#5: Protein/peptide | Mass: 3504.444 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mastigocladus laminosus (bacteria) / References: UniProt: P83795 |
#6: Protein/peptide | Mass: 3843.595 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mastigocladus laminosus (bacteria) / References: UniProt: P83796 |
#7: Protein/peptide | Mass: 4016.661 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mastigocladus laminosus (bacteria) / References: UniProt: P83797 |
#8: Protein/peptide | Mass: 3276.932 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mastigocladus laminosus (bacteria) / References: UniProt: P83798 |
-Non-polymers , 13 types, 36 molecules
#9: Chemical | ChemComp-MYS / | ||||||||||||||||||||||
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#10: Chemical | #11: Chemical | ChemComp-HEC / #12: Chemical | #13: Chemical | ChemComp-SMA / | #14: Chemical | ChemComp-7PH / ( | #15: Chemical | ChemComp-8K6 / | #16: Chemical | ChemComp-CLA / | #17: Chemical | #18: Chemical | ChemComp-FES / | #19: Chemical | ChemComp-SQD / | #20: Chemical | ChemComp-BCR / | #21: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 6.13 Å3/Da / Density % sol: 79.9 % Description: RPIM IS 0.035 (0.647 FOR THE HIGHEST RESOLUTION SHELL) |
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Crystal grow | pH: 8.3 Details: PH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97934 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 7, 2006 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.997→137.772 Å / Num. obs: 50303 / % possible obs: 91.4 % / Redundancy: 9.8 % / Net I/σ(I): 17.4 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.05 Å / Redundancy: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 38 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: RIGID BODY REFINEMENT, RESTRAINED REFINEMENT Resolution: 3→48.34 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.92 / Stereochemistry target values: ML / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 108.81 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→48.34 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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