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- PDB-4h0l: Cytochrome b6f Complex Crystal Structure from Mastigocladus lamin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h0l
タイトルCytochrome b6f Complex Crystal Structure from Mastigocladus laminosus with n-Side Inhibitor NQNO
要素
  • (Cytochrome b6-f complex subunit ...) x 5
  • Apocytochrome f
  • Cytochrome b6
  • Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Alpha-helix / beta -sheet / Plastoquinol-plastocyanin oxidoreductase / Plastocyanin / None / Thylakoid membranes
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / plastoquinol--plastocyanin reductase activity / : / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / quinol-cytochrome-c reductase activity / plasma membrane-derived thylakoid membrane / : / photosynthesis ...cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / plastoquinol--plastocyanin reductase activity / : / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / quinol-cytochrome-c reductase activity / plasma membrane-derived thylakoid membrane / : / photosynthesis / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / plastocyanin oxidoreductase / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome f large domain / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 / Cytochrome b6/f complex, subunit IV / PetM of cytochrome b6/f complex subunit 7 / Cytochrome b6, PetB ...Single helix bin / plastocyanin oxidoreductase / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome f large domain / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 / Cytochrome b6/f complex, subunit IV / PetM of cytochrome b6/f complex subunit 7 / Cytochrome b6, PetB / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 superfamily / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 superfamily / Cytochrome B6-F complex subunit 5 / PetN / PetM family of cytochrome b6f complex subunit 7 / Cytochrome f transmembrane anchor / Cytochrome f / Cytochrome f large domain / Cytochrome f large domain superfamily / Apocytochrome F, C-terminal / Apocytochrome F, N-terminal / Cytochrome f family profile. / Single helix bin / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / : / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Rudiment single hybrid motif / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / : / CHLOROPHYLL A / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-OPC / 2-NONYL-4-HYDROXYQUINOLINE N-OXIDE / Chem-SQD / Cytochrome b6 / Cytochrome b6-f complex subunit 4 ...BETA-CAROTENE / : / CHLOROPHYLL A / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-OPC / 2-NONYL-4-HYDROXYQUINOLINE N-OXIDE / Chem-SQD / Cytochrome b6 / Cytochrome b6-f complex subunit 4 / Cytochrome f / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome b6-f complex subunit 7 / Cytochrome b6-f complex subunit 5 / Cytochrome b6-f complex subunit 8
類似検索 - 構成要素
生物種Mastigocladus laminosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Hasan, S.S. / Yamashita, E. / Baniulis, D. / Cramer, W.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Quinone-dependent proton transfer pathways in the photosynthetic cytochrome b6f complex
著者: Hasan, S.S. / Yamashita, E. / Baniulis, D. / Cramer, W.A.
履歴
登録2012年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月3日Group: Database references
改定 2.02023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b6
B: Cytochrome b6-f complex subunit 4
C: Apocytochrome f
D: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit
E: Cytochrome b6-f complex subunit 6
F: Cytochrome b6-f complex subunit 7
G: Cytochrome b6-f complex subunit 5
H: Cytochrome b6-f complex subunit 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,62025
ポリマ－107,6518
非ポリマー8,96817
水1086
1
A: Cytochrome b6
B: Cytochrome b6-f complex subunit 4
C: Apocytochrome f
D: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit
E: Cytochrome b6-f complex subunit 6
F: Cytochrome b6-f complex subunit 7
G: Cytochrome b6-f complex subunit 5
H: Cytochrome b6-f complex subunit 8
ヘテロ分子

A: Cytochrome b6
B: Cytochrome b6-f complex subunit 4
C: Apocytochrome f
D: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit
E: Cytochrome b6-f complex subunit 6
F: Cytochrome b6-f complex subunit 7
G: Cytochrome b6-f complex subunit 5
H: Cytochrome b6-f complex subunit 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,23950
ポリマ－215,30316
非ポリマー17,93634
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area86830 Å2
ΔGint-965 kcal/mol
Surface area76900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.133, 159.133, 362.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ACD

#1: タンパク質 Cytochrome b6


分子量: 24245.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83791
#3: タンパク質 Apocytochrome f


分子量: 31655.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83793
#4: タンパク質 Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Plastohydroquinone:plastocyanin oxidoreductase iron-sulfur protein / ISP / RISP / Rieske iron-sulfur protein


分子量: 19422.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83794, EC: 1.10.9.1

-
Cytochrome b6-f complex subunit ... , 5種, 5分子 BEFGH

#2: タンパク質 Cytochrome b6-f complex subunit 4 / 17 kDa polypeptide


分子量: 17687.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83792
#5: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome b6-f complex subunit PetL / Cytochrome b6-f complex subunit VI


分子量: 3504.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83795
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 7 / Cytochrome b6-f complex subunit PetM / Cytochrome b6-f complex subunit VII


分子量: 3843.595 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83796
#7: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 5 / Cytochrome b6-f complex subunit PetG / Cytochrome b6-f complex subunit V


分子量: 4016.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83797
#8: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 8 / Cytochrome b6-f complex subunit PetN / Cytochrome b6-f complex subunit VIII


分子量: 3276.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83798

-
非ポリマー , 10種, 23分子

#9: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#10: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#11: 化合物 ChemComp-OPC / (7R,17E)-4-HYDROXY-N,N,N,7-TETRAMETHYL-7-[(8E)-OCTADEC-8-ENOYLOXY]-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-17-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE / DIOLEOYL-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 801.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H87NO8P / コメント: リン脂質*YM
#12: 化合物
ChemComp-UMQ / UNDECYL-MALTOSIDE / UNDECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / ウンデシルβ-マルトシド


分子量: 496.589 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H44O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#13: 化合物 ChemComp-QNO / 2-NONYL-4-HYDROXYQUINOLINE N-OXIDE / NQNO


分子量: 287.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H25NO2
#14: 化合物 ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#15: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#16: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#17: 化合物 ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#18: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THIS RESIDUE WAS PRO ACCORDING TO THE PREVIOUS VERSION OF DATABASE P83793 (CYF_MASLA).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 80 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.25→48.45 Å / Num. obs: 43609 / Biso Wilson estimate: 96.84 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 2E75

2e75


解像度: 3.25→48.447 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8265 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.77 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 2185 5.03 %
Rwork0.2185 --
obs0.22 43451 99.53 %
all-43485 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 273.53 Å2 / Biso mean: 106.0654 Å2 / Biso min: 27.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.02 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→48.447 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7386 0 601 6 7993
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088234
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.51511242
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5863014
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1921237
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071334
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2469-3.31740.28091380.26632483262198
3.3174-3.39460.30531430.253525292672100
3.3946-3.47950.26771200.255225382658100
3.4795-3.57350.28941470.221225192666100
3.5735-3.67860.23131230.207525522675100
3.6786-3.79730.26471310.206425742705100
3.7973-3.9330.25571340.193125492683100
3.933-4.09040.24671310.202825672698100
4.0904-4.27640.22111380.202525442682100
4.2764-4.50170.21861450.200125732718100
4.5017-4.78360.23511430.195725862729100
4.7836-5.15250.21091300.196425952725100
5.1525-5.67030.2531430.20526102753100
5.6703-6.48920.2261390.238626182757100
6.4892-8.16930.24681360.21322672280899
8.1693-48.45230.27531440.25252757290196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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