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- PDB-1v18: The crystal structure of beta-catenin armadillo repeat complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v18
タイトルThe crystal structure of beta-catenin armadillo repeat complexed with a phosphorylated APC 20mer repeat.
要素
  • ADENOMATOUS POLYPOSIS COLI
  • BETA-CATENIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / SIGNALLING COMPLEX / WNT SIGNAL / BETA-CATENIN DEGRADATION COMPLEX / CELL ADHESION / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


lung cell differentiation / epicardium-derived cardiac vascular smooth muscle cell differentiation / mesenchyme morphogenesis / RUNX3 regulates WNT signaling / Regulation of CDH11 function / cardiac vascular smooth muscle cell differentiation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Beta-catenin phosphorylation cascade / APC truncation mutants are not K63 polyubiquitinated / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins ...lung cell differentiation / epicardium-derived cardiac vascular smooth muscle cell differentiation / mesenchyme morphogenesis / RUNX3 regulates WNT signaling / Regulation of CDH11 function / cardiac vascular smooth muscle cell differentiation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Beta-catenin phosphorylation cascade / APC truncation mutants are not K63 polyubiquitinated / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / hair cycle process / morphogenesis of embryonic epithelium / positive regulation of epithelial cell differentiation / TCF dependent signaling in response to WNT / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / trachea morphogenesis / mesenchyme development / endoderm formation / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / regulation of microtubule-based movement / VEGFR2 mediated vascular permeability / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / mesenchymal stem cell differentiation / beta-catenin-ICAT complex / metanephros morphogenesis / genitalia morphogenesis / embryonic skeletal limb joint morphogenesis / neural plate development / glial cell fate determination / regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / oviduct development / beta-catenin-TCF7L2 complex / regulation of nephron tubule epithelial cell differentiation / negative regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / regulation of timing of anagen / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / regulation of epithelial cell differentiation / Ca2+ pathway / Schwann cell proliferation / central nervous system vasculogenesis / animal organ development / regulation of centriole-centriole cohesion / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / Adherens junctions interactions / RHO GTPases activate IQGAPs / glandular epithelial cell differentiation / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / ventricular compact myocardium morphogenesis / embryonic axis specification / endodermal cell fate commitment / Scrib-APC-beta-catenin complex / lens morphogenesis in camera-type eye / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / beta-catenin-TCF complex / dorsal root ganglion development / gamma-catenin binding / synaptic vesicle clustering / acinar cell differentiation / proximal/distal pattern formation / neuron fate determination / layer formation in cerebral cortex / dorsal/ventral axis specification / positive regulation of endothelial cell differentiation / positive regulation of myoblast proliferation / establishment of blood-retinal barrier / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / fungiform papilla formation / sympathetic ganglion development / positive regulation of pseudopodium assembly / delta-catenin binding / embryonic foregut morphogenesis / hindbrain development / lung epithelial cell differentiation / positive regulation of determination of dorsal identity / ectoderm development / positive regulation of skeletal muscle tissue development / regulation of calcium ion import / regulation of protein localization to cell surface / regulation of osteoclast differentiation / cellular response to indole-3-methanol / endothelial tube morphogenesis / cell projection membrane / positive regulation of protein localization to centrosome / smooth muscle cell differentiation / presynaptic active zone cytoplasmic component / positive regulation of odontoblast differentiation / regulation of smooth muscle cell proliferation
類似検索 - 分子機能
Adenomatous polyposis coli protein repeat / SAMP / EB-1 binding / Adenomatous polyposis coli protein basic domain / Adenomatous polyposis coli protein, 15 residue repeat / Adenomatous polyposis coli (APC) family / Adenomatous polyposis coli protein / Adenomatous polyposis coli, N-terminal dimerisation domain / APC, N-terminal coiled-coil domain superfamily / Adenomatous polyposis coli (APC) repeat ...Adenomatous polyposis coli protein repeat / SAMP / EB-1 binding / Adenomatous polyposis coli protein basic domain / Adenomatous polyposis coli protein, 15 residue repeat / Adenomatous polyposis coli (APC) family / Adenomatous polyposis coli protein / Adenomatous polyposis coli, N-terminal dimerisation domain / APC, N-terminal coiled-coil domain superfamily / Adenomatous polyposis coli (APC) repeat / APC repeat / SAMP Motif / EB-1 Binding Domain / APC basic domain / APC 15 residue motif / Adenomatous polyposis coli tumour suppressor protein / Armadillo-associated region on APC / Unstructured region on APC between 1st and 2nd catenin-bdg motifs / Unstructured region on APC between 1st two creatine-rich regions / Unstructured region on APC between APC_crr and SAMP / Unstructured region on APC between SAMP and APC_crr / Unstructured region on APC between APC_crr regions 5 and 6 / Coiled-coil N-terminus of APC, dimerisation domain / Adenomatous polyposis coli (APC) repeat / Beta-catenin / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenomatous polyposis coli protein / Catenin beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ha, N.-C. / Weis, W.I.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Mechanism of Phosphorylation-Dependent Binding of Apc to Beta-Catenin and its Role in Beta-Catenin Degradation
著者: Ha, N.-C. / Tonozuka, T. / Stamos, J.L. / Weis, W.I.
履歴
登録2004年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-CATENIN
B: ADENOMATOUS POLYPOSIS COLI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2592
ポリマ－64,2592
非ポリマー00
水4,234235
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)50.830, 90.060, 122.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 BETA-CATENIN


分子量: 58844.117 Da / 分子数: 1 / 断片: ARMADILLO REPEAT, REPEAT 3 OF APC, RESIDUES 134-671 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 134-671 OF BETA-CATENIN AND 1484-1528 OF HUMAN APC(ADENOMATOUS POLYPOSIS COLI) PHOSPHORYLATED BY CK1 AND GSK-3BETA
由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PPROEXHTA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q02248
#2: タンパク質・ペプチド ADENOMATOUS POLYPOSIS COLI / APC PROTEIN


分子量: 5414.617 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1482-1528 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 134-671 OF BETA-CATENIN AND 1484-1528 OF HUMAN APC(ADENOMATOUS POLYPOSIS COLI) PHOSPHORYLATED BY CK1 AND GSK-3BETA
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PPROEXHTA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P25054
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.76 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 31262 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 37
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 85.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I7W

1i7w


解像度: 2.1→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 3114 10 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.207 28148 92.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.5715 Å2 / ksol: 0.376423 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.941 Å20 Å20 Å2
2--16.401 Å20 Å2
3----8.459 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4195 0 0 235 4430
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0057
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.441.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.222
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.372
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.442.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 417 9.7 %
Rwork0.271 3869 -
obs--77.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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